生产微生物肥料所用菌必须足安全的。菌种首先必须对人、动物、植物无急性、悲急性病害，其次要有一定的功效。优良菌株很重要，因为同一种菌，经过筛选或诱变，可以筛选到作用更强的菌株。菌种应用要科学、合理。有的肥料产品将人豆根瘤苗用于禾本科作物如小麦、玉米等，这是十分可笑的。芽孢类菌组合也应做试验，有些种类不适宜组合，有些菌的安全性也应检定。 微生物肥料不要长时间暴露在阳光下，以免紫外线杀死肥料中的微生物，有些产品不宜与化肥混用，更不能与杀菌剂混用 微生物肥料发展很快，但也存在一些不合理的问题。如盲目地认为肥料中加入菌的种类越多越好而将互相拮抗菌放在一起；发酵设备不完善；工艺不先进；生产技术低下；产品质量不稳定；微生物复合肥料中化肥比例大，名不符实；基础性研究薄弱；高新产品丌发滞后等等。微生物肥料不可能解决生产中的全部问题，但与化肥相比，微生物肥料目前在农业增产中的作用还太小，是应该大力发展的肥料品种。 复合微生物菌肥中的常用菌种——芽孢杆菌、抗生菌 我国复合微生物肥料近几年出现了一些芽孢杆菌类产品，其作用机理有的认为足固定氮和解磷，有的则将其为激素产生菌，还有的认为与植物病害防治有关。 抗生菌是指利用能分泌抗菌物质和刺激素的微生物，含有抗生菌的复合微生物肥料可提高土壤肥力，提高作物抗病、扰虫能力，刺激作物生长和增加作物抗旱、抗寒能力．使用的菌种通常是放线菌，如细黄链霉菌，我国应用7．VA菌根肥料． 微生物肥料的作用是综合性的。首先它能增加肥力，这是作为微生物肥料的主要功效。微生物的生命活动与土壤肥力之问的关系足肯定的，但由于一些研究不到位，有的机理还不能完全阐明；其次是能协助农作物吸收营养，如根瘤菌能在根瘤中同定氮素并被植物吸收，既能全部利用又无污染问题。AM真菌足一种土壤真菌，它与多种植物根系共生，其菌丝可以吸收更多的营养供给植物吸收利用，尤其磷的吸收最明显，微生物肥料也可以增加植物的抗病虫害和抗旱能力。