复合微生物菌肥的主要功效及作用机理之直接为作物提供营养元素 根瘸菌类、自生和联合固氮菌类的复合微生物肥料可以固定大气中的氮，增加植物的氮营养。目前，对根瘤菌侵染及结瘸过程的生物化学基础研究得比较清楚，对其结瘤过程的分予机制研究也取得了较大进展。自生固氮类微生物肥料，由于其固氮最少，且难以定量，故对其固氮机制的研究进展缓慢。联合共生同氮细菌与根瘤菌不同，其大多聚集在根皮表面，未能形成类似根瘤的稳定共生结构，因而受根际环境因素影响较大。 复合微生物菌肥中固氮菌的作用 固氮菌类足以能在土壤、作物根内或作物根际生活，并能同定空气中氮的微生物为菌种制成的活体制品。微生物菌肥中添加的固氮菌分为共生固氮菌、自生同氮菌和联合同氮菌。共生固氮菌如根瘤菌与豆科植物其生结瘤，根瘤菌在根瘸内部。长固定空气中氮供给作物吸收利用；自生固氮菌和联合同氮菌生活在植物根系附近的土壤中或与植物根部形成松散联合其生体，利用土壤中的有机质或根分泌物为碳源，固定空气中的氮．从而改善植物的氮营养，固氮菌本身也能产生生长素刺激植物生长发育。自生固氮和联合固氮微生物较共生固氮的根瘤菌固氮量少，而且施用时易受环境中氮含量的影响。 微生物肥料应用过程中的问题 微生物肥料作为对传统化肥、有机肥的补充产品，在应用上更多的采用配合使用的方法。此外，由于其中存在有活的微生物菌种，故在应用时应考虑所施用的环境条件与微生物肥料的适宜性，这是保证微生物肥料发挥应有效果的重要前提之一。 首先，用户在应用微生物肥料前要通过产品的各项指标说明，明确产品的特点、功能、作用和施用方法。其次，应避免开袋后长期不用，防止其他菌就可能侵入袋内，使微生物菌群改变，影响其使用效果。最后，还应是避免在高温干旱条件下使用，并避免与未腐熟的农家肥混用，以免因高温杀死肥料中的微生物，同时应避免与农药同时使用。