两种或俩种以上微生物复合肥料这种复合生物菌肥可以供给作物一定量的氮，磷和钾营养元素，将不同的菌种分别发酵，然后按比例复合制成菌剂，其应用效果优于单一菌种的微生物菌肥。 微生物与有机肥料复合在长期应用微生物肥料的实践中，人们认识到，单独施用微生物肥料满足不同作物对营养元素的需要，生物肥料的增产效果是有限的；而长期大量使化肥，会导致土壤板结，农产品品质下降。因此，微生物和有机肥复合能够强化其功效，成为人们关注的一种新型肥料。 微生物菌肥的作用，改善土壤环境 原来为提高作物产量，大量施用化肥、农药，加剧了土壤生态系统的破坏，使用微生物菌肥料是修复土壤生态系统的关键措施。微生物肥菌进入土壤生态系统后，在适当的水分、温度pH值等条件下，与土壤有益微生物共同形成优质菌群，挤占病原菌的生存空间，降低作物得病的机会。促进土壤生态系统中碳、氮和氧的循环。 微生物菌肥可以减少化肥用量，提高农产品品质使用微生物肥料可以减少化肥的施用量。国外许多在根瘤菌的应用研究时，田间试验以减少氮量为对照，用以说明使用根瘤菌后，由于固氮作用，减少化肥氮施用量的多少应视不同菌株的同氮效率而定。除了根瘤菌肥以外，其他的微生物肥料在施用后也有减少化肥使用量的效果·在相同产量时减少化肥用量不仅有重要的经济意义，而且更具生态学和环境价值。 许多研究表明，使用微生物肥料提高了农产品的蛋白质、糖分、维生素含量，减少了硝酸盐的积累。