巴氏杀菌机杀菌的原理是在一定温度范围内，温度越低，细菌繁殖越慢；温度越高，繁殖越快。但温度太高，细菌就会死亡。不同的细菌有不同的最适生长温度和耐热、耐冷能力。巴氏消毒其实就是利用bing原体不是很耐热的特点，用适当的温度和保温时间处理，将其全部杀灭。但经巴氏消毒后，仍保留了小部分无害或有益、较耐热的细菌或细菌芽孢。
巴氏杀菌机是是将温度控制仪设定好PU值给转化为各温区水槽的实际控制温度的曲线，在通过对于温度的检测精que的控制各温区的温度的变化。主传动电机带动上下两层的输瓶链网将物料一次的经过三个温区的逐级的升温预热，和两个温区的杀菌以及三个温区的逐级的降温和冷却的过程。
巴氏杀菌机不断发展的过程中一些技术也在不断进步，加热降温原理有压缩机和水循环两种，相比之下水循环要比压缩机的效率高，且保留了牛奶的原味，逐步替代了压缩机巴氏杀菌机，水循环巴氏杀菌机的类别在市面上有迷你型、简易型、豪华型、柜式、酸奶鲜奶一体机等种类，随着巴氏杀菌工艺的不断发展，巴氏杀菌机的种类也在不断的增加。
巴氏杀菌机流水线主要做商业用途，同时巴氏杀菌也是国际上的通用杀菌标准，在很多大型企业都在使用，市场上的纯牛奶其他口味的酸奶都是经过巴氏杀菌。随时绿色健康食品的发展，巴氏杀菌机在很多小型的奶牛场都是有使用的，小型奶牛场使用的都很是100升或者是200升的，主要是制作新鲜纯牛奶，向市场上配送。巴氏杀菌机配备有冷水循环系统，通常的制冷方式有两种，一种是：压缩机制冷，这种制冷的方式速度快，效果好，还一种制冷方式是冷水循环制冷，主要是采用物理的降温方式，将对来讲成本要低很多。