发酵鸡粪制作有机肥料，一般是有两种方法，一种是利用发酵剂来发酵制作肥料，一种是自然的堆砌发酵。两种发酵方法差别比较大，在发酵时间和发酵效果上，自然发酵腐熟的鸡粪都没有和发酵剂发酵的鸡粪肥料的效果好，首先从发酵时间上看，使用好旺农有机肥发酵剂发酵鸡粪一般发酵时间为15-20天，而正常的鸡粪发酵夏天要1个月，冬天是4-6个月，使用发酵剂发酵更高效。从发酵效果上看，发酵剂发酵的鸡粪肥料是不会烧根，伤根的，肥力好，而自然发酵则容易出现烧根，烂根的情况。
农村惯用的鸡粪发酵法是堆积让其自然发酵4-6个月，这样臭味散发污染环境。若用微生物发酵剂发酵鸡粪，20天即能腐熟，且无臭、无味、无害，堆肥松软呈黄褐色，上部有灰白色菌丝，有机质可升至48%左右，大部分养分呈无机态，作物易吸收。现将此法介绍如下：
1、干鸡粪发酵
先将干鸡粪平铺在地上（室外的水泥地或土地均可）呈长条状，按鸡粪重的35%浇水。
每吨鸡粪撒粪便发酵剂1公斤（因速腐剂用量小很难撒匀，可先加入米糠或麦麸制成预混料），加过磷酸钙15公斤（除臭用），加草粉或草碳100公斤。而后将堆肥翻倒两遍，堆成高约1米、宽1.5-2米、长度不限的堆，并在堆顶打孔若干个。用长方形塑料布将肥堆覆盖，塑料布与地面相接，隔1米压一重物，使膜内既通风又避免被大风鼓起。在夏、秋季节发酵，早晚揭膜通风1次（1-2小时），若天气晴朗可于头天傍晚揭膜次日早上覆盖。堆沤34天后，堆温可升至60℃-70℃。堆沤10天后可翻堆1次，堆沤20天即能熟透，肥分提高，消灭有害虫菌，成为优良的绿色环保肥料。
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2、湿鸡粪发酵
先在地上铺一层秸秆粉（米糠、草粉、花生壳粉、草炭均可），然后将湿鸡粪铺在上面，按堆料重撒入0.1%尿素，按每吨重撒入15公斤过磷酸钙，按0.2%粪便发酵剂制预混料撒入（粪便发酵剂为0.2%，另加麸皮或米糠预混合）。
肥堆的水分控制在50%左右，可调节湿度，以手握成团、从1米高落地能散开为宜。将堆肥翻倒两遍，堆成宽1.5-2米、高1米左右、长度不限的堆，并用棍打通气孔，盖上塑料布保温、保湿、保肥。其他管理同干鸡粪发酵，应特别注意通风换气。
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