有机肥富含各种营养元素，肥效长而稳定。但其养分处于有机化合物形态，难于被果树直接吸收利用，必需经微生物发酵、分解，养分逐渐释放出来，根系才能吸收。故常做基肥用。苹果树施用有机肥，能长时间满足树体对营养的需要，还可改良土壤，利于根系生长。 施用有机肥、基肥的时期，应该在采收后。这段时间，苹果树根系有一次生长高峰，施肥后根系伤口愈合快，并能很快生长、吸收利用养分，对促进当年后期叶片的光合作用，生产贮备营养物质有很好的效果。 柑橘树有机肥施肥原则 以有机肥为主，化肥为辅，充分满足柑橘树对各种营养元素的需求，保持或增加土壤肥力及土壤微生物活性，所施的肥料不应对果园环境和果实品质产生不良影响，使用符合国家行业标准的农家肥、化肥、微生物肥料及叶面肥等。 禁止使用未经无害化处理的污泥、城市垃圾；禁止使用含有重金属、橡胶等有害物质的生活废物； 禁止使用医院的粪便、垃圾和工业垃圾；禁止使用未腐熟的人畜粪便； 禁止使用未获国家有关部门批准登记生产的肥料。因施用某种肥料造成土壤或水源污染或影响柑橘生长，甚至造成柑橘果品质量达不到卫生标准时．则立即停止使用这些肥料。 1、有机肥对葡萄、脐橙等果园土壤物理化学性质很大的影响，土壤团粒结构、透水性、保水量、通气、吸收量以及缓冲性等都决定于土壤有机质；它含有无数微生物活体，同时也是微生物的养分和能量的来源；分解有机物逐步释放各种元素、养分全面。 2、有机肥土壤有机质缺乏还会导致果树缺素症和各种病害。果树土壤有机质缺乏，土壤瘦瘠易诱致缺锌症；在强酸性上中或沙质土中，如土壤缺锌、铜、镁、铁元素，可伴随缺锰；有机质是土壤中硼的主要来源之一，有机质含量高的土壤中水溶态硼含量也多。园土粘重、土层浅薄、有机质含量低易发生炭疽病；属于管理、肥水不足、土壤缺乏有机质、树势衰弱的果园会发生黑斑（黑星）病并且较重。