为确保这项改革能够平稳实施，尽量减少改革前登记的个体工商户的负担，与“三证合一”对企业提出过渡期的要求不同，《意见》对2016年12月1日前成立的个体工商户没有规定过渡期。对于申请办理变更登记或主动要求换照的个体工商户，工商部门换发加载统一社会信用代码的营业执照。对于暂未取得加载统一社会信用代码营业执照的个体工商户，其营业执照和税务登记证继续有效。各地可以鼓励个体工商户主动换领加载统一社会信用代码的营业执照，但是，《意见》特别强调，要充分尊重广大个体经营者的意愿，不得组织对“两证整合”前登记的个体工商户强制换照，对于因实行强制换照而引发群体性事件的，要追究相关人员的责任，严肃处理。
对于已领取加载统一社会信用代码营业执照且在税务机关办理过涉税事项的个体工商户，其申请注销登记，应当向登记机关提交税务机关出具的《清税证明》。
七是清理相关法规文件，推动改革成果广泛认可和应用。各地要及时梳理与“两证整合”登记模式相冲突的相关文件，尽快在制度框架内依法及时进行修订和完善，确保改革在法治轨道内运行。“两证整合”改革后，加载统一社会信用代码的营业执照具备原工商营业执照和原税务登记证的效力，各级政府部门、企事业单位及中介机构等均要予以认可，各行业主管部门要加强指导和督促，做好代码转换以及部门间信息系统衔接。