新版食品经营许可证较之前有以下几个变化：实行“一地一证”原则，即食品经营者在一个经营场所从事食品经营活动，只需取得一个食品经营许可证;主体业态按主要经营项目归类，食品经营分为食品销售、餐饮服务和单位食堂三大主体业态，预包装食品销售、散装食品销售、热食制售、冷食制售、自制饮品等8个经营项目;食品经营许可证新增了签发人、日常监管机构、日常监管责任人、投诉举报电话，确保监管责任到人;增加了二维码，消费者扫描许可证上的二维码，便可看到经营者的详细信息，包括经营者名称、法定代表人姓名、许可证编号、发证机关、发证日期、有效期等信息;许可证有效期由原来的3年延长到5年。
食品经营许可证“两证合一”，将以前的食品流通许可、酒类经营备案和保健食品经营备案等进行合并，现在只需办理一张食品经营许可证即可营业，解决了经营多类食品需办理多张许可证的问题。新版食品经营许可证也将自动售货设备和网上销售食品的行为统一纳入许可范围。此外，已经取得食品经营许可证且在有效期内的证件继续有效