槽式发酵一般是在水泥地面上建间隔墙（为了保温，北方地区也有建成下沉式坑槽的），在间隔墙的顶端铺设导轨，翻堆机在导轨上行走，并设有换轨机构，翻堆机可从一条槽移至另一条槽。槽的深度从0.7m至2.5m均有，有些在槽底铺有通气管，以增加通气量。槽式发酵翻堆机（图6）具有处理量大、占地小、操作简单、可实现无人驾驶等优点，对要求密封处理、控制环境的企业尤为适用。废气可集中处理，大、中、小型有机肥厂均可采用，但因为要建槽，造成发酵场固定，有一定的局限性，透气性也没有条垛式好。目前，一些翻堆深度大于1.5m的槽式翻堆机一般都设计有加氧装置，可增加透气性，这是一个很好的改进。对于粪便型、糟渣类和纤维较多、黏性小的发酵物，可采用具有强力打碎、搅拌作用的翻堆机，这样可以省却原料搅拌打碎这些前处理工序， 减少了生产环节。同时，每一次的翻堆都是对物料进行一次打碎和搅拌，提高了物料的发酵速度，也使有机物料更均匀、疏松。槽式翻堆机因其在固定轨道上行走，大多采用电机驱动，其价格主要与其电机功率有关。
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