大棚番茄在栽培过程中很容易出现畸形果，畸形果的症状特点是，果实表现奇形怪状。如‘尖项形”：脐部突出，似鹰嘴状;“多棱形”、“增瘤形”:在脐部或近蒂部增长出显著的瘤状突起；“尖项形”:果实顶部膨大，另半部不膨大或膨大不够、形成半边果。此外还有裂果、籽外露果等多种形状的畸形果实。据了解，在菜农的正常管理过程中，以“尖顶形”、“多棱形”和“盘形”等畸形番茄果实最多见。这些都使番茄的商品价值严重降低，更使菜农的经济效益受到一定的损失，应引起重视。
（1）主要原因
低温 花芽分化和发育时遇到连续6～8℃的低夜温，易产生开裂状畸形果。冬春茬番茄1～2穗果易畸形多是此原因造成;
苗岭拉长 低温或干旱持续时间长，使幼苗长时间处在抑制生长条件下，花器易形成木拴化，后转入适宜条件下，木栓化组织不能适应正常组织的迅速生长，则形成裂果、籽外露果或疤果:
偏施氮肥 氮肥过多致使番茄花芽过度分化，心室数目增多。形成多心室畸形果:
使用激素不当 为防止番茄落花落果，常采用2,4-D或番茄灵蘸花，但浓度掌握不准、重复蘸花或蘸花是温度高、土壤干旱等均容易产生番茄畸形果，花未开展时蘸花易产生空洞果。另外，秧苗发生徒长时，使用植物生长调节剂浓度大或次数多，秧苗矮化，再蘸花时也易产生畸形果。
（2）防治方法
1、加强苗期管理 培育适龄壮苗，幼苗破土后宜控制日温20～15℃，夜温13～18℃，保持土壤潮湿，培育出节间短，50天左右的适龄壮苗。
2、‚疏掉畸形果 1～3穗果的第1果易形成畸形果，应在蘸花前疏掉。
3、加强肥水管理 施肥时应采用配方施肥，调整好氮、磷、钾比例.切忌偏施氮肥。同时根据植株长势、长相、天气和需水规律进行浇水，切忌忽干忽湿。
4、蘸花 以当天完全开放的花为主，即开即蘸，在药液中加入红广告色或墨汁作标记，以免重复蘸花，上午11点以前结束蘸花工作。由于2,4-D没有番茄灵稳定，使用2,4-D宜采用点花心和花柄的方法。配制蘸花药液要根据温度灵活配制，温度高时，浓度小些;温度低时，浓度大些.
5、合理使用生长调节剂 秧苗出现徒长即营养过旺时，勿过分采用降温、干旱方法、或滥用生长调节剂等措施控苗，应在加强通风，适当控湿的基础上，结合喷药每10天喷施1次600倍沃丰素+1%发酵牛奶，连续使用5～6次不但可以预防畸形果发生，而且提高番茄抗旱、耐涝、抗病等抗逆性能，减少病害发生，提高果实品质，增产20%～50%。