基准站系统给各台堆取料机提供差分数据，是整个系统的控制部分。其工作原理是基准站卫星接收机将自己获取的高精度定位数据，通过光纤模式、电台、GPRS或WIFI方式将差分数据发送到堆取料机的卫星接收机上；卫星接收机通过将自身的定位数据和基准站的差分数据进行差分解算，最后得到厘米级定位数据。
基准站差分系统主要包括基准站GNSS卫星接收机和差分数据电台。基准站作为整个系统的基准必须建立在一个干扰少，基础稳定的位置，以便保证整个系统的定位精度以及全天候使用。一般来说基准站系统建立空旷的房屋楼顶上，单独建立立柱必须做好防雷措施。