在种植农作物的时候使用种植EM菌可以有效的改善改良种植土壤，在水稻，蔬菜，瓜果种植上都可以有明显的作用，可以使用做追肥灌溉根茎，促进根茎的生长，也可以喷洒来提高开花得果率，在育苗上，可以提高成活率，降低烂苗的情况。
种植EM菌在各种种植作物上的具体使用方法及功效
1.水田以水稻为例
（1）南方春耕时，。对有肥田草和稻草还田的田块，每亩泼洒0. 5公斤种植EM菌制成的l000倍稀释沤田；没有肥田草和稻草的还田的田块，每亩施50公斤E M 菌种发酵液堆肥。
（2）用20O倍种植EM菌浸种2-4小时后播入秧场。
（3）秧苗长到2-3片叶时，用1O00倍种植EM菌稀释液喷洒两次，提高成秧率。插秧前，用500倍种植EM菌稀释液泡根5分钟,保苗促长。
（4）移栽期，追施种植EM菌堆肥每亩50公斤或用种植EM菌稀释液随水浇灌。
（5）生长分蘖期、孕穗期、抽穗期分别用500倍种植EM菌每周叶面喷施一次1000倍E M菌种发酵液稀释液。
（6）种植EM菌除草。秋收后，每亩撒施公斤种植EM菌发酵堆肥，利用种植EM菌促生长作用，让草籽打破休眠常规，反季节提前萌芽，不能越冬而死。第二年春，喷施一次500倍种植EM菌稀释液，加快残余草籽发芽，然后通过春耕翻田和旱地锄草，将杂草沤死或除去。如此连续二、三年，可清除全部杂草。以上方法适用于其它水田作物。
2.旱地作物
适用于麦类、豆类、薯类和草本油料、棉、麻类、甘薯、甘蔗、烟叶、蔬菜（含大棚）瓜类、芦笋、牧草等。
（1）翻耕整地时，每亩施种植EM菌堆肥50公斤（如土20公分左右）。或用500倍EM原露稀释液均匀喷洒一遍土面。
（2）育苗期，用200倍种植EM菌稀释液将种籽浸泡后播下，出苗后，用1000倍种植EM菌稀释液喷洒一次，移栽的种苗，以500倍种植EM菌稀释泡根5分钟后定植，或用1000倍种植EM菌稀释浇根一次（泡根后的稀释液可用于浇根）。
（3）生长期，视作物长势，喷洒1000倍种植EM菌稀释液，一茬作物应不少于2--3次，次数越多，效果越好每周1次。亦可用EM 菌种发酵液粪水稀释液浇根追肥，效果更好。
（4）如用营养钵或营养土，可在土壤总量中掺入30%的种植EM菌堆肥，再用1000倍稀释液混合搅拌，堆积覆盖，密封30天（翻动2-3次）即可使用。
3.园林果木
各种果树、茶叶、桑树、人参、中药材、花卉等。
（1）苗圃整地时，施入种植EM菌堆肥；育苗中，先用200种植EM菌稀释液浸种，再用800倍种植EM菌稀释液浇根和叶面喷施。
（2）春芽长至1公分左右后，每隔7天对枝叶喷洒一次1000倍种植EM菌防虫液，到9、10月再喷洒1-2次，防止病虫害。
（3）现蕾期和花谢末期，各施一次1000倍种植EM菌稀释液，提高座果率（开花期不宜喷洒）。
（4）稳果期、壮果期和采茶、摘桑叶前各喷洒一次l000倍E M菌种发酵液稀释液(视长势可适当增加喷洒次数），有利于提高产量和品质。
（5）每年秋天至入冬前，每隔l5天喷洒一次l000倍E M菌种发酵液稀释液，可防止冬季落叶。
（6）水果保鲜：采果前3天，在鲜果四周喷洒一次l00倍E M菌种发酵液稀释液。如采果前没有喷洒种植EM菌稀释液，可将摘下的表皮无损的鲜果用100的倍E M菌种发酵液稀释液喷洒1-2倍，晾干后装筐，用塑料膜覆盖四周，每隔一周检查一次，挑出烂果后，用500倍种植EM菌稀释液喷洒一次，再晾干装筐堆放，四周覆盖。经此处理的水果，比传统方法可延长保鲜时间1-2倍。