好氧发酵是有机肥翻堆机生产的初始阶段，主要通过5天以上55℃-70℃的高温作用降低生产原料（畜禽粪便、有机物料）的水分、消除恶臭、杀灭病原菌、蛔虫卵等有害生物、杀死杂草种子，通过好氧微生物的活动初步分解纤维、蛋白质、多糖等大分子有机物。
有机肥翻堆机通过好氧发酵阶段肥料在生理生化指标上已经达到国标要求，法律上可以上市销售，但还不是真正的有机肥料，要成为真正的有机肥料还必须经过厌氧发酵过程。
有机肥翻堆机好氧发酵的作用：
1、消除恶臭；
2、降低水分；
3、杀灭病原菌、蛔虫卵、杂草种子等有害生物；
4、初步降解纤维素、蛋白质、多糖等大分子有物质。