主要应用于各种小包装食品、瓶装食品、糕点、饼干、果脯、豆制品、熟食、调味品（鸡精、香精）面粉等的加热、干燥与杀菌处理。也使用于对海产品（海带、紫菜）的干燥；面包、糖、干果、茶叶、烟叶、粮食制品的脱水、干燥、杀菌防霉处理。以及对各类速冻食品的解冻处理。尤其对饼干、水果的干燥具有一定的膨化及杀菌作用。微波具有热效应和非热效微波设备应双重杀菌作用。
微波杀菌温度低于常规方法，一般比较，常规方法杀菌温度要在100度以上，时间要在十几分钟至几十分钟，而微波杀菌温度仅在70至90度，时间约为几分钟。通过微波干燥、杀菌处理的食品的保质期可延长3-8倍，不破坏原有的营养成份、色泽、口感和天然风味。与其它干燥、杀菌、解冻设备相比，可缩小占地面积、降低能耗30％～100％。而且不生产“三废”污染。
特点
微波干燥、杀菌特点：
1、干燥时间短、产品的香味浓厚、均匀、色泽亮丽。
2、选择性加热。因为水分子对微波吸收好，所以含水量高的部份，吸收微波功率多于含水量较低的部份。这就是选择性加热的特点，利用这一特点可以做到迅速、均匀加热和均匀干燥。
3、干燥脱水的水气方向由内到外，所以微波干燥具有膨化作用，对后续的粉碎大有帮助。
4、绿色环保设备，节能高效。微波是直接对物料进行作用，没有经过其他中间转换环节因而没有额外的热能损失，炉内的空气与相应的容器都不会发热，所以热效率极高，生产环境也明显改善，与远红外加热相比可节电30%。