日光温室设施封闭严密，内部小环境长期处于高温、高湿状态，病虫害发生、传播快，危害重。为了防止和减少病虫害的发生，及时、快速地消灭病虫害，有效控制的扩散与蔓延。必须认真执行“预防为主、综合防治”的植保方针，做好温室消毒，培育无病壮苗，采用配套栽培技术进行生产管理。
搞好农业防治、物理防治、生物防治、生态防治和化学防治等综合防治措施，经济有效的防治病虫害，把病虫害控制到程度，对于日光温室病虫害的防治具有重要意义。综合防治要以农业防治为主，药剂防治为辅。对减少药剂使用量，降低生产成本，生产无公害产品，维护人们身体健康具有重要意义。具体防治措施如下：
（1）选择抗病性强、抗逆性强，高产，优质品种。
（2）播前种子消毒，苗床消毒。定植前对温室和土壤消毒。
（3）嫁接育苗，培育适龄壮苗。
（4）实行4-5年以上轮作，或水旱轮作。深翻土地，增施有机肥，改良土壤。
（5）覆盖地膜，加强通风，调节好温室的温度，降低空气相对湿度，以利作物正常生长发育，减少病虫害发生。
（6）实行测土配方施肥。
（7）合理整枝，强化植株调整，保证通风、透光，及时发现、清理发病叶、病果，并深埋，清除病原。
（8）加强通风，降低湿度，冬季地温期膜下暗灌，有条件的采取滴灌、渗灌。
（9）做好病虫害预测预防工作，发现中心病株要及时对症喷药，以防蔓延。