该模式是遵循生态学原理，采用现代生物技术和工程技术，按生态规律进行生产，保持和改善生产区域的生态平衡，保证水体不受污染，保持各种水生生物种群的动态平衡和食物链网结构合理的一种模式。包括以下几种模式及配套技术。
池塘混养模式及配套技术
池塘混养是将同类不同种或异类异种生物在人工池塘中进行多品种综合养殖的方式。其原理是利用生物之间具有互相依存、竞争的规则，根据养殖生物食性垂直分布不同，合理搭配养殖品种与数量，合理利用水域、饲料资源，使养殖生物在同一水域中协调生存，确保生物的多样性。
1、 与鱼池塘混养模式及配套技术
（1）常规鱼类多品种混养模式。常规鱼类指草鱼、链鱼、鳙鱼、青鱼、鲤鱼、罗非鱼等。主要利用草鱼为草食性、链（鳙）鱼为滤食性、青鱼与鲤鱼为吃食性、罗非鱼为杂食性的食性不同和草鱼、链、鳙在上层、鲤鱼中层、青鱼、罗非鱼中下层的垂直分布不同，合理搭配品种进行养殖。本模式适宜池塘、网箱养殖，由于所养殖的鱼类是大宗品种，因此经济效益相对较低。
（2）常规鱼与名特优水产品种综合养殖模式。
本养殖模式一般以名特优水产品种为主，以常规品种为辅，采用营养全、效价高的人工配合饲料进行养殖。其特点是技术含量较高，经济效益好。
核心技术：
斑点叉尾鱼回池塘混养技术；加州鲈、条纹鲈池塘混养技术；美国红鱼池塘混养技术；鳜鱼池塘混养技术；胭脂鱼池塘混养技术；蓝鲨池塘混养技术。
2、鱼与渔池塘混养模式及配套技术
（1）鱼与鳖混养技术。如罗非鱼与鳖混养模式主要利用罗非鱼和鳖生长温度、食性相似、底栖等的生物学特点，将两者进行混养的模式。在这一养殖模式中利用罗非鱼“清道夫”功能，主养鳖。其特点比单一养殖鳖经济效益高。
（2）鱼与虾混养技术。主要有淡水鱼虾、海水鱼虾混养两种类型。淡水鱼虾混养多为常规或名特优淡水鱼类与青虾、罗氏沼虾混合养殖和海水鱼类与对虾混养殖模式。淡水混养中的“鱼青混养”，一般以鱼类为主，青虾为辅；“鱼罗混养”，则以罗氏沼虾为主。在海水鱼类与对虾混养中以虾类为主。特别是中国对虾与河鱼屯 、鲈鱼混养值得一提，在养殖过程中以中国对虾为主，同时放入少量的肉食性鱼类（河鱼屯或鲈鱼），河鱼屯、鲈鱼摄食体质较弱、行动缓慢的病虾，避免了带病毒对虾死亡后释放病源体于水中的可能，从而阻断了病毒的传播途径。
（3）鱼与贝混养技术。一般包括淡水鱼类与三角帆蚌、海水鱼类与贝类（缢蛏、泥蚶）混养模式。在三角帆蚌育珠中，配以少量的上层鱼类如链鱼、鳙鱼和底栖鱼类罗非鱼，可以清洁水域环境，减少杂物附着，提高各层养殖质量；在缢蛏、泥蚶等贝类养殖池塘中放入少量的鲈鱼、大黄鱼进行混养，由于鲈鱼、大黄鱼的残饵与排泄物可以起到肥水作用，促进浮游生物的生长，同时摄食体质较弱的贝肉。肥水增加的浮游生物又被滤食性的贝类所利用，从而达到生态平衡。
（4）鱼与蟹混养技术。通常指梭子蟹与鲈鱼、鲷鱼或对虾混养。梭子蟹为底栖生物，以动物饵料为食，适合在透明度为30厘米的水中生长，鲈、鲷的残饵与排泄物可以起到肥水促进浮游生物生长的作用，为梭子蟹生长提供适宜的环境。应注意的是鲈、鲷为凶猛的肉食性鱼类，为避免捕食蜕（换）壳蟹，散养时应投喂足够的饵料或采用小网箱套养。
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