划入基本农田保护区内的耕地，都是基本农田，必须加以严格保护。划定基本农田保护区的根本目的是为了对基本农田实行特殊保护。一般来说，基本农田保护区是一种区域概念，保护区内除了基本农田外，还可能有少量建设用地、废弃地以及未利用土地，并不全是基本农田。按照基本农田保护区土地用途管制，通过土地复垦开发，加强保护区建设，可以增加保护区内耕地面积，提高基本农田质量。
根据《基本农田保护条例》规定，基本农田是指根据一定时期人口和社会经济发展对农产品的需求以及对建设用地的预测，根据土地利用总体规划而确定的长期不得占用的耕地。是一定时期内必须确保的耕地需求量，是“吃饭田”、“保命田”。划定的基本农田的面积应当达耕地总量的80%以上。基本农田一经划定，任何建设不得占用；确需占用的，要经国务院批准，并对占用的基本农田予以补划。