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1、个人所得税
《个人所得税法（2011年修订）》（以下简称“《个人所得税法》”）第二条规定，“下列各项个人所得，应纳个人所得税：……六、特许权使用费所得；……”《个人所得税法》第三条规定，“个人所得税的税率：……五、特许权使用费所得，利息、股息、红利所得，财产租赁所得，财产转让所得，偶然所得和其他所得，适用比例税率，税率为百分之二十。”
《个人所得税法实施条例（2011年修订）》（以下简称“《个人所得税法实施条例》”）第八条规定，“税法第二条所说的各项个人所得的范围：……（六）特许权使用费所得，是指个人提供专利权、商标权、著作权、非专利技术以及其他特许权的使用权取得的所得；提供著作权的使用权取得的所得，不包括稿酬所得……”
《个人所得税法实施条例》第十条规定，“个人所得的形式，包括现金、实物、有价证券和其他形式的经济利益。所得为实物的，应当按照取得的凭证上所注明的价格计算应纳税所得额；无凭证的实物或者凭证上所注明的价格明显偏低的，参照市场价格核定应纳税所得额。所得为有价证券的，根据票面价格和市场价格核定应纳税所得额。所得为其他形式的经济利益的，参照市场价格核定应纳税所得额。”
基于上述规定，以专利使用权予以出资，属于提供特许权使用费所得；专利权人系个人的，应予缴纳个人所得税。另，税务部门亦就此进行了明确的回应。
另，于2015年3月13日发布的《中共中央国务院关于深化体制机制改革加快实施创新驱动发展战略的若干意见》规定，科研人员以科技成果入股的，原则上在5年内分期缴纳个人所得税。于2016年9月20日发布的《财政部国家税务总局关于完善股权激励和技术入股有关所得税政策的通知》（财税〔2016〕101号）规定，个人对技术成果投资入股实施选择性税收优惠政策，即：个人可选择继续按现行有关税收政策执行，也可选择适用递延纳税优惠政策。
基于该规定，个人以专利使用权出资的，可选择按特许权使用费所得应税项目缴纳个人所得税，也可选择适用递延纳税优惠政策。
2、企业所得税
《企业所得税法实施条例》第九十条规定，“企业所得税法第二十七条第（四）项所称符合条件的技术转让所得免征、减征企业所得税，是指一个纳税年度内，居民企业技术转让所得不超过500万元的部分，免征企业所得税；超过500万元的部分，减半征收企业所得税。”
于2009年4月24日发布、自2008年1月1日起实施的《国家税务总局关于技术转让所得减免企业所得税有关问题的通知》（国税函[2009]212号）第一条规定，“根据企业所得税法第二十七条第（四）项规定，享受减免企业所得税优惠的技术转让应符合以下条件：（一）享受优惠的技术转让主体是企业所得税法规定的居民企业；（二）技术转让属于财政部、国家税务总局规定的范围；（三）境内技术转让经省级以上科技部门认定；（四）向境外转让技术经省级以上商务部门认定；（五）国务院税务主管部门规定的其他条件。”
于2010年12月31日发布、自2008年1月1日起实施的《财政部国家税务总局关于居民企业技术转让有关企业所得税政策问题的通知》（财税[2010]111号）第一条规定，“技术转让的范围，包括居民企业转让专利技术、计算机软件著作权、集成电路布图设计权、植物新品种、生物医药新品种，以及财政部和国家税务总局确定的其他技术。其中：专利技术，是指法律授予独占权的发明、实用新型和非简单改变产品图案的外观设计。”
《财政部国家税务总局关于居民企业技术转让有关企业所得税政策问题的通知》第二条规定，“本通知所称技术转让，是指居民企业转让其拥有符合本通知第一条规定技术的所有权或5年以上（含5年）全球独占许可使用权的行为。”
《财政部国家税务总局关于居民企业技术转让有关企业所得税政策问题的通知》第四条规定，“居民企业从直接或间接持有股权之和达到100%的关联方取得的技术转让所得，不享受技术转让减免企业所得税优惠政策。”
基于上述规定，若以专利使用权出资的专利权人系企业，独占许可的地域系全球、独占许可的期间系5年以上（含5年），且不存在《财政部国家税务总局关于居民企业技术转让有关企业所得税政策问题的通知》第四条规定的关联情形的，可享受《企业所得税法实施条例》第九十条规定的企业所得税减免政策。