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化石一词源自拉丁文fossillis，意为挖掘。化石是古生物学的主要研究工具，它为研究地质时期的动、植物生命史提供了证据。中国古籍中早已有关于化石的纪录，如春秋时代的计然和三国时代的吴晋，都曾提到山西省产“龙骨”，“龙骨”即古代脊椎动物的骨骼和牙齿的化石；
《山海经》也有“石鱼”（即鱼化石）的记述；南朝齐梁时期陶弘景有对琥珀中古昆虫的记述；宋朝沈括对螺蚌化石和杜绾对鱼化石的起源，已有了准确熟悉。迄今，发现早的细菌化石为距今35亿年前的澳大利亚瓦拉翁纳群中的丝状细菌化石。
所谓化石是指生涯在岩层中地质历史时期的古生物遗物和生涯遗迹以及生物成因的残留有机分子。
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生物体上的硬组织也能被生涯下来。差不多所有的植物和动物都拥有一些硬部分，例如蛤、蚝或蜗牛；脊椎动物的牙和骨头；蟹的外壳和能够酿成化石的植物的木质组织。生物体的坚硬部分由于是以能反抗风化作用和化学作用的物质组成的，以是这类化石漫衍的较普遍。无脊椎动物例如蛤、蜗牛和珊瑚等的壳是由方解石（碳酸钙）组成的，其中许多没有或险些没有发生物理转变而被生涯下来。
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另一些有机物具有几丁质（一种类似于指甲的物质）的外甲，节足动物和其它有机物的几丁质外甲可以成为化石，由于它的化学因素和埋葬的方式，使这种物质以碳的薄膜的形式而生涯下来。碳化作用（或蒸馏作用）是生物埋葬之后在缓慢腐烂的历程中发生的，在剖析历程中，有机物逐渐失去所含有的气体和液体因素，仅留下碳质薄膜。这种碳化作用和煤的形成历程相同。在许多煤层中可以看到大量的碳化植物化石。在许多地方，植物、鱼和无脊椎动物就是以这种方式生涯下它们的化石。有些碳的薄膜准确地记录了这些生物的细腻的结构。
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