有机产品认证目录的发布（国家认监委2012年第2号公告）是我国有机产品认证发展史上的一件大事，也是有机产品认证制度设计上的重要举措。从此便结束了有机产品认证无认证目录的缺陷，结束了认证机构随意认证和认证委托人随意委托认证的乱象，消除了一些广为流传的争议和疑问，如矿泉水能不能认证？烟草为什么不能认证？同时对生产加工过程和关键技术目前尚难满足有机产品国家标准的产品如枸杞和蜂蜜从国家层面上加以限制，从而实现了从认证源头加强监管的目标。总之，认证目录的发布开启了认证机构有法可依、认证委托人有理可拘的新阶段。
有机产品认证目录首先将可认证产品分为生产产品和加工产品两个部分，这与有机产品国家标准之生产部分和加工部分完全对应。然后，它按照逐级分类原则而将各部分可认证产品分为一至多个大类、中类、小类、小类覆盖产品范围，这样便构成一个有根有分枝的类似于生物分类学上的树状图。其中，小类是可认证产品分类系统中的基本分类单元，它们都有统一的序号。 是可认证产品分类系统中的大类、中类，小类统 一序号和名称一览表。
大类
中类
小类统一序号和名称
植物类
谷物
1.小麦；2.玉米；3.水稻；4.谷子；5.高粱；6.大麦；7.燕麦；8.杂粮
蔬菜
9.薯芋类；10.豆类蔬菜；11.瓜类蔬菜；12.白菜类蔬菜；13.绿叶蔬菜；14.新鲜根菜类蔬菜；15.新鲜甘蓝类蔬菜；16.新鲜芥菜类蔬菜；17.新鲜茄果类蔬菜；18.新鲜葱蒜类蔬菜；19.新鲜多年生蔬菜；20.新鲜水生类蔬菜；21.新鲜芽苗类蔬菜；22.食用菌类
水果与坚果
23.柑橘类；24.甜橙类；25.柚类；26.柠檬类；27.葡萄类；28.瓜类；29.苹果；30.梨；31.桃；32.枣；33.杏；34.其他水果；35.核桃；36.板栗；37.其他坚果
豆类与其他油料作物
38.大豆；39.其他油料作物
花卉
40.花卉
香辛料作物产品
41.香辛料作物产品
制糖植物
42.制糖植物
其他类植物
43.青饲料植物；44.纺织用的植物原料；45.调香的植物；46.野生采集的植物；47.茶
种子与繁殖材料
48.种子与繁殖材料（仅限本目录列出的植物类种子及繁殖材料）
植物类中药
49.植物类中药
畜禽类
活体动物
50.肉泥（头）；51.奶牛（头）；52.乳肉兼用牛（头）；53.绵羊（头）；54.山羊（头）；55.马（头）；56.驴（头）；57.猪（头）；58.鸡（只）；59.鸭（只）；60.鹅（只）；61.其他动物（头/只）
动物产品或副产品
62.牛乳；63.羊乳；64.马乳；65.其他动物产品；66.鸡蛋（枚）；67.鸭蛋（枚）；68.其他禽蛋（枚）；69.动物副产品
水产类
鲜活鱼
70.海水鱼（尾）；71.淡水鱼（尾）
甲壳与无脊椎动物
72.虾类（吨）；73.蟹类（只）74.无脊椎动物
水生脊椎动物
75.鳖（只）
水生植物
76.海藻和海草类
加工类
肉制品及副产品加工
77.冷鲜肉；78.加工肉制品和可食用屠宰产品
水产品加工
79.冷鲜鱼；80.加工鱼制品；81.其他水产加工制品（包括海草类）
加工或保藏的蔬菜
82.保藏的水果和坚果；90.冷冻水果；91.冷冻坚果；92.果酱；93.烘焙或炒的坚果；94.其他方法加工及保藏的水果和坚果
植物油加工
95.植物油加工副产品
植物油加工副产品
96.植物油加工副产品
经处理的液体奶或奶油
97.经处理的液体乳和奶油
其他乳制品
98.乳粉类；99.发酵乳
谷物磨制
100.小麦（粉）；101.玉米（粉）；102.大米（粉）；103.小米（粉）；104.其他谷物碾磨加工品和副产品
淀粉与淀粉制品
105.淀粉；106.淀粉制品；107.豆制品
加工饲料
108.加工的植物性饲料；109.加工的动物性饲料
烘焙食品
110.饼干、面包及其他烘焙产品
面条等谷物粉制品
111.米面制品；112.方便食品
不另分类的食品
113.茶；114.代用茶；115.咖啡；116.保藏的去壳禽蛋及其制品；117.调味品；118.植物类中草药加工制品（仅限于经切碎、烘干等物理工艺加工的产品）
白酒
119.白酒和配制酒
葡萄酒和果酒等发酵酒
120.葡萄酒；121.果酒；122.黄酒；123.米酒；124.其他发酵酒
啤酒
125.啤酒
纺纱用其他天然纤维
126.纺纱用其他天然纤维
服装
127.纺织制成品