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1．企业自我评价
企业首先按照《高新技术企业认定办法》第十条进行自我评价，认为符合条件的在“高新技术企业认定管理工作网”进行注册登记。
2．企业注册登记
企业登录“高新技术企业认定管理工作网”，按要求填写《高新技术企业注册登记表》，并通过上传至认定机构。认定机构应及时完成企业身份确认并将用户名和密码告知企业。
3．准备并提交材料
企业根据获得的用户名和密码进入网上认定管理系统，离线申请填写工具，填写完毕后上传至系统，并按科委要求将下列材料提交认定机构：
（a）《高新技术企业认定申请书》；
（b）企业营业执照副本、税务登记证书（复印件）；
（c）中介机构鉴证的企业近三个会计年度研究开发费用（实际年限不足三年的按实际经营年限）、近一个会计年度高新技术产品（服务）收入专项审计报告；
（d）中介机构鉴证的企业近三个会计年度的财务报表（含资产负债表、利润及利润分配表、现金流量表，实际年限不足三年的按实际经营年限提供审计报告）；
（e）技术创新活动证明材料，包括知识产权证书、独占许可协议、生产批文，新产品或新技术证明（查新）材料、产品质量检验报告，省级（含计划单列市）以上科技计划立项证明，以及其他能提供创新活动相关证明材料。
（f）其他补充材料，如北京高新技术企业认定服务收入合同，企业各项管理制度等。
4．高新认定机构审查与认定
（a）认定机构收到企业北京高新技术企业认定材料后，按技术领域从专家库中随机抽取不少于5名相关专家，并将电子材料通过网络工作系统分发给所选专家，由专家对技术情况进行评定。
（b）认定机构收到专家的评价意见和中介机构的专项审计报告后，对申请企业提出认定意见，并确定北京高新技术企业认定名单。