目前微生物(有益菌)经过工业化扩繁之后，加工制成的活菌制剂。农用微生物菌剂，广泛应用于经济作物种植、禽畜粪便腐熟、工业废弃物处理、环境改良等场合。
一般情况下，农用微生物菌剂，应用于农业生产，具有以下主要功能和作用:
1.预防病害:改善土壤微生物菌群、抑制土壤病原菌繁殖，可有效预防作物的根腐、立枯等病害;
2.提高地力:活化土壤有机与无机养份，提高肥效率，促进作物循环、长效吸收利用，增根壮苗果实饱满;
3.改良土壤:改善土壤团粒结构，消除板结，提高保水保肥能力，抗旱、抗逆、抗寒、抗倒伏;不间断使用，可改善土壤微生态环境。消除土壤板结、中和酸碱度、降低土壤重金属和盐碱毒害;
4.增根、发苗、壮秧:有益微生物在繁殖代谢过程中，可分泌细胞分裂素、吲跺乙酸、维生素、本乙酸、赤霉素等植物生长素及氨基酸等活性物质，强力促进增根、生根，壮根、毛细根数量增加一倍以上;吸水、吸肥能力加强，茎粗、苗壮、移栽缓苗快等特点。