微波杀菌设备是利用微波低温脉冲进行杀菌，对于玻璃罐装食品，微波对玻璃具有穿透性的作用。无需通过介质来导热，微波直接对酱料里面同时加热，微波辣椒酱杀菌设备杀菌温度低，食品在微波杀菌的过程，温度一般为70℃-80℃左右。这样，辣椒酱等罐装食品可包装后再杀菌，这样，避免了二次污染。
主要特点是：
1、杀菌速度快，物料内外同时杀菌。
2、杀菌彻底不需防腐，长期存放不霉变，营养不流失并保持原有的色、香、味。
3、黄豆酱微波杀菌设备比其它设备杀菌节约时间50%，比其它电设备节省电40%。
4、微波设备体积小占地面积少，维修操作方便是当前理想的杀菌设备。
主要应用于：香菇酱、豆瓣酱、辣椒酱、黄豆酱、酱菜，咸菜等酱菜的干燥、杀菌、杀虫.辣椒酱原料含菌量大概在几十到上百万左右，通过微波杀菌处理后辣椒酱含菌量（菌落总数）可达到3万左右；如果物料初始含菌量在10~20万左右，微波杀菌后可达1万以下，其它大肠杆菌、霉菌等均可达到产品国际标准。所以，微波杀菌效果比较显著！
特点：
1、微波节能高效。微波是直接对物料进行作用，没有额外的热能损失，热效率极高，生产环境也明显改善
2、微波时间短，效率高。微波加热杀菌是使被加热物体本身成为发热体，不需要热传导的过程。微波从四面八方穿透物体内部里外同时使物体在很短时间内达到均匀加热杀菌，大大缩短了干燥杀菌时间，从而更能提高产量。
3、微波设备易于控制，工艺先进。与常规方法比较,设备即开即用;没有热惯性，操作灵活方便;微波功率可调，传输速度可调。在辣椒微波杀菌设备中，无废水、废气、废渣，是一种安全无害的高新技术。
4、杀菌效果好。实践证明，利用微波杀菌一般在70℃就可全部杀死大肠杆菌，在80～90℃细菌总数大大降低，时间只需2～8分钟。速度快，时间短，因此保留食品中的营养成份、传统风味。