堆肥过程通常由前处理、一次发酵、二次发酵、后处理、脱臭、贮存等工序组成。所需设备有：固液分离设备、发酵翻抛机、粉碎机、搅拌机、筛分机、包装机等等，根据产量大小，客户要求为客户量身配置有机肥生产线设备。
（1）前处理
把搜集的垃圾、粪便、污泥等按要求调整水分和碳氮比，必要时添加菌种和酶，如果垃圾中含有大块垃圾和不可生物降解的物质则应进行用知一牌有机肥原料专用粉碎机破碎和去除，否则大块垃圾的存在会影响垃圾处理机械设备的正常运行，而不可降解的物质会导致堆肥发酵仓容积的浪费和堆肥产品的质量。
（2）一次发酵
一次发酵可在露天或发酵装置中进行，氧气的供给前者通过有机肥专用翻抛机翻堆，后者是向发酵仓内强制通风完成，此时由于原料中存在大量的微生物及其所需营养物，发酵开始，首先是易分解的有机物糖类等降解，参与讲解的微生物有好氧的细菌、真菌等，如枯草芽孢杆菌、根霉、曲霉、酵母菌、降解产物为二氧化碳和水，微生物将细胞中吸收的营养物质分解，同时产生热量使堆肥温度上升。一般将温度升高到开始降低为止的阶段为一次发酵期。
（3）二次发酵
在一次发酵中难降解的有机物可全部降解，变为腐殖质、氨基酸等较稳定的有机物，得到完全成熟的堆肥产品。
（4）后处理
二次发酵后的物料有在前处理中尚未完全除去的塑料、玻璃、金属、小石块等，故还需经一道分选工序取出杂物。
（5）脱臭
有些堆肥工艺结束后会有臭味，需进行脱臭处理。方法有加入化学除臭剂、活性炭吸附等。
（6）贮存
堆肥一般在春秋两季使用，暂时不能用上的堆肥要妥善贮存，可装入袋中，干燥、通风保存。密闭或受潮都会影响其质量。一般来说还是建议把有机肥做成颗粒肥出售，有机肥更利于保存和使用，也更美观。出售价格和营养价值也会达极限的充分发挥价值。
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