生物身体的柔软部分在东波兰的饱含油的土壤中也发现到，在这里有生涯很好的一种绝灭的犀牛的鼻角、前腿和部分皮。在新墨西哥州和亚利桑那州的窟窿中和火山口里发现了地树懒的自然形成的木乃伊。这里的极端干燥的沙漠天气能够使动物的软组织在腐烂之前就所有脱水，并能生涯部分的皮、毛、腱、爪等。
生物酿成化石的更有趣和不寻常的一种方式就是在琥珀中生涯。古代的昆虫可被某些针叶树渗透出的粘树胶所捕捉。当松脂硬结后并进一步酿成琥珀，昆虫便留在其中。有些昆虫和蜘蛛被生涯得很是好，甚至能在显微镜下研究它的细毛和肌肉组织。
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虽然生物体的软组织的生涯形成了一些有趣的和令人叹为观止的化石，但这种方式形成的化石是相对有数的。古生物学家更经常地是研究生涯在岩石中的化石。
生物体上的硬组织也能被生涯下来。差不多所有的植物和动物都拥有一些硬部分，例如蛤、蚝或蜗牛；脊椎动物的牙和骨头；蟹的外壳和能够酿成化石的植物的木质组织。生物体的坚硬部分由于是以能反抗风化作用和化学作用的物质组成的，以是这类化石漫衍的较普遍。无脊椎动物例如蛤、蜗牛和珊瑚等的壳是由方解石（）组成的，其中许多没有或险些没有发生物理转变而被生涯下来。
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脊椎动物的骨头和牙以及许多无脊椎动物的外甲含有磷酸钙，由于这种化合物反抗风化作用的能力很是强，以是许多由磷酸盐组成的物质也能生涯下来，如曾发现一枚生涯极好的鱼牙。由硅质（二氧化硅）组成的骨骼也具有这种性子。微体古生物化石的硅质部分和某些海绵通过硅化而酿成化石。另一些有机物具有几丁质（一种类似于指甲的物质）的外甲，节足动物和其它有机物的几丁质外甲可以成为化石，由于它的化学因素和埋葬的方式，使这种物质以碳的薄膜的形式而生涯下来。碳化作用（或蒸馏作用）是生物埋葬之后在缓慢腐烂的历程中发生的，在剖析历程中，有机物逐渐失去所含有的气体和液体因素，仅留下碳质薄膜。这种碳化作用和煤的形成历程相同。在许多煤层中可以看到大量的碳化植物化石。在许多地方，植物、鱼和无脊椎动物就是以这种方式生涯下它们的化石。有些碳的薄膜准确地记录了这些生物的细腻的结构。
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