本广泛分布的个体则会发现其实与日本柳杉并无明显分别，而且也缺乏有力的证据指出在中国有野生的群落。日本柳杉及日本扁柏（Chamaecyparis obtusa）的花粉均是造成日本当地花粉症流行的主要原因。 日本柳杉广泛种植於庙宇及神社内，而且有为数甚多的参天巨木。日本森林植物志作者Sargent纪录了一名贫穷的大名因无力在日光东照宫德川家康的葬礼上作出捐献，因此而种植一片日本柳杉林作为替代而被接纳。直到目前为止，这片占地65平方公里的广阔树林仍然存在，并被认为是日本国内1华丽的一片林区。 日本柳杉在日本及中国是一种广泛应用的植林树种。除此以外，日本柳杉在其他温带地区也被栽培做为观赏树木使用，包括英国、欧洲、北美及喜马拉雅以东地区的尼泊尔及印度等地也多有种植。其中一种栽培种密枝柳杉（'Elegans'）因其永远保持矮小的灌木状而备受欢迎，1高也不过是5至10米。 日本柳杉的木材拥有清香的气味、红棕的颜色及轻而强状的特性，而且有一定的防水能力及能抵抗腐坏。因此，在日本式的建筑及室内设计等均有广泛应用。 日本柳杉也是部分蛾类幼虫的寄主食物，如蝙蝠蛾属（Endoclita）中的物种。