在农作物栽培和城市绿化过程中，由于连年使用化肥，不仅造成土壤板结、肥效日减，还污染了环境，因此，化肥已被列为农业的3个污染源之一。微生物肥料的发展，不但能为农业生产提供新的肥源，还可以减轻化肥污染问题。
1、微生物肥料的作用
(一)活化土壤养分，促进作物根系活力
微生物肥料能使土壤中原来被化合固定而不能被作物吸收的磷、钾养分被分解，从而起到活化土壤中磷、钾等养分的作用，增加土壤有机质含量，促进土壤团粒结构形成，消除土壤板结，从而使作物根系发达，增强活力。
(二)节能降耗，保护生态环境
固氮菌在常温常压条件下即可完成氮的转化过程，为作物提供丰富的养分，同时又不会造成亚硝酸盐的残留而污染环境，起到了很好的节能降耗、保护环境的作用。所以，固氮菌是当前无公害农产品生产中广泛推广应用的肥料产品。
(三)提高作物产量，改善作物品质
微生物肥料使用后，减少了化肥的用量，使农产品品质有了良好的改善。另外，微生物肥料可增加农产品有效营养成分，如面粉中的面筋含量、不同大豆中的油脂含量、蛋白质含量，蔬菜瓜果中的维生素、糖的含量。有关试验表明，微生物肥料不仅能使粮食作物增产10%左右，果菜类增产15%左右，而且还可使产品外观有较大改善。
(四)提高肥料利用率，节约投资
微生物肥料与无机复合肥混合施用，可明显提高化肥利用率10%-15%，节省20%左右的化肥用量。在无公害农产品生产中，采用有机肥料、无机肥料与微生物肥料相结合的施用方法，改变了传统农业生产向有机农业生产方式过渡，从而实现高产、优质、高效、低耗的目标。
(五)减少或降低植物病虫害
微生物肥料的多种微生物可以诱导植物的过氧化物酶、多酚氧化酶、苯甲氨酸解氨酶、脂氧合酶、几丁质酶、β-1，3葡聚糖酶等参与植物防御反应，利于防病、抗病。有的微生物种类具有分泌抗菌素的功能，抑制或杀死致病真菌和细菌，使病原微生物难以生长繁殖，从而降低了作物病虫害的发生。
（六）增强抗旱能力
微生物肥料由于在作物根部大量生长繁殖，菌丝能增加对水分的吸收，使作物抗旱能力提高。
2、微生物肥料的施用方法
拌种 先将种子表面用水喷潮湿，然后将种子放入微生物肥料中搅拌，使种子表面均匀粘满肥料即可播种。
育秧 做床式或盘式育苗时，可将微生物肥料拌入育苗土中堆置3天后再做成苗床或装入育苗盘；做营养钵育苗时，先将微生物肥料均匀拌人营养土中，再做成营养钵。
穴施 先将微生物肥料与湿润的细土拌均匀，施在移栽或插秧的穴内，然后移栽幼苗或插秧。
蘸根 将微生物肥料加适量细土和水拌成泥浆，将移栽秧或扦插苗在泥浆中浸数分钟，再带浆移栽或扦插。
追施 将微生物肥料配成水溶液，浇灌在作物行间或果树周围的浅沟内，浇完后即覆土。
喷施 有些液体微生物肥料，可作叶面肥施用，方法是加水后充分混匀，喷洒在叶片的正反面即可。
3、微生物肥料使用注意事项
（1）应避免日晒雨淋。拌种时应在阴凉处操作，拌种后要及时播种，并立即覆土。一般微生物肥料不可与有害农药、化肥混合施用。
（2）创造适宜的土壤环境。在酸性土壤上施用时应中和土壤酸度后再施。土壤过分干燥时，应及时灌浇。大雨过后要及时排除田间积水，提高土壤的通透性。
（3）密封保存，防止其它杂菌侵入，禁止与化肥或其它化学、农药等存放在一起。
（4）避免在高温干旱条件下使用。微生物肥料中的微生物在高温干旱条件下，生存和繁殖就会受到影响，不能发挥良好的作用。因此，应选择阴天或晴天的傍晚施用，并结合盖土、盖粪、浇水等措施，避免微生物肥料受阳光直射或因水分不足而难以发挥作用。
（5）避免与化肥或未腐熟的农家肥混用。与未腐熟的有机肥混用，会因高温杀死微生物，影响微生物肥料的发挥。
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