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(一)税收优惠备案
认定(复审)合格的高新技术企业，自认定(复审)批准的有效期当年开始，可申请享受企业所得税优惠。纳税人取得高新技术企业证书后，应按照规定进行备案后享受相关税收优惠。
(二)高新技术企业资格复审期间企业所得税预缴问题
高新技术企业应在资格期满前三个月内提出复审申请，在通过复审之前，在其高新技术企业资格有效期内，其当年企业所得税暂按15%的税率预缴。
(三)高新技术企业境外所得适用税率及税收抵免问题
以境内、境外全部生产经营活动有关的研究开发费用总额、总收入、销售收入总额、高新技术产品(服务)收入等指标申请并经认定的高新技术企业，其来源于境外的所得可以享受高新技术企业所得税优惠政策，即对其来源于境外所得可以按照15%的优惠税率缴纳企业所得税，在计算境外抵免限额时，可按照15%的优惠税率计算境内外应纳税总额。
(四)申报填写问题
按规定享受15%税率和两免三减半优惠政策的高新技术企业，季度预缴申报时，将减免的企业所得税额填写在中华人民共和国企业所得税月(季)度预缴纳税申报表(A类，2015年版)附表3第4或第7行;年度汇算清缴时，填写A107041《高新技术企业优惠情况及明细表》。
(五)高新技术企业税收优惠不适用于核定征收企业
(六)注意事项
高新技术企业享受税收优惠的条件发生变化，应自发生变化之日起15个工作日内向税务机关报告;不再符合税收优惠条件的，应当依法履行纳税义务;未依法纳税的，主管税务机关将予以追缴。