实际操作中，纳税筹划方案理论上虽然可以降低部分税负，但实际运作中却往往不能达到预期效果，其中很多筹划方案不符合成本效益原则是造成纳税筹划失败的重要原因。所以，在筹划纳税方案时不能一味考虑纳税成本的降低，而忽略因该筹划方案的实施引发的其它费用的增加和收入的减少，必须综合考虑该筹划方案是否能给企业带来绝对的收益。
(1) 正常税负。纳税人收入除了要征收较高的流转税外，对取得的收益还要征所得税，降低正常税收负担的有效途径是开展税收筹划。
(2) 办税人员开支。办税费用包括办税人员费用、资料费用、差旅费用、邮寄费用、利息等。
(3) 税务代理费用。按照有偿服务的原则，聘请中介机构办税，需要缴纳一定的费用。为了节约税务代理费用，纳税人应当在事前作适当考虑，应当考虑收益与支出是否配比。
(4) 违法及延期成本。违反《税收征收管理法》规定，企业将面临一笔不小的支出。
(5) 额外税收负担。额外税收负担是指按照税法规定应当予以征税，但却完全可以避免的税收负担，应享受的减免没有享受。