因羊肚菌营养很丰富，味道很香，特别是菌丝生长阶段发出一种特殊的香味，很多害虫都喜欢吃菌丝，目前害虫已成为羊肚菌成败及产量的关键，羊肚菌的害虫主要有跳虫、菌蚊和蛞蝓，这几种虫都喜欢吃羊肚菌的菌丝，特别是跳虫危害羊肚菌菌丝最严重，跳虫体积很小，肉眼很难看见，一般在播种后10多天都会发生，主要是由跳虫的成虫飞来产卵，繁殖的小幼虫，幼虫潜伏在土壤中专吃菌丝，数量多，繁殖快，它不怕冷、不怕热、不怕水、不怕旱，是一种很顽固的害虫，防治相当困难，给羊肚菌生产带来毁灭性的灾害，甚至可造成羊肚菌的减产和绝收。
蛞蝓俗称鼻涕虫，系软体动物，身体裸露，无外壳。其畏光怕热，白天躲在砖、石块下面及土缝中，黄昏后陆续出来取食为害，天亮前又躲起来。
菌蚊以幼虫期为害较大，除在培养料表面蛀食外，有的还结网罩住菇蕾，使菇体不能正常生长。
病虫害发生时一般菇农会选择用农药杀虫，农药的使用除了容易残留造成食用菌毒害，由于羊肚菌出菇前脆弱敏感，还很容易刺激到菌丝，抑制羊肚菌的生长。这也是羊肚菌产量普遍很低的原因之一。
要想完全消灭跳虫，菌蚊，蛞蝓这三大羊肚菌的主要害虫，又不影响羊肚菌的菌丝生长和子实体发育，是当前一件很困难的事。对病虫害的防止我们始终强调“预防为主、治疗为辅”，强调规范化操作，发菌阶段加强管理让菌丝健壮有力，出菇阶段调好温、湿、光等创造让子实体生长最有利的条件，让其减少病害侵入的机会。
尤其是在土壤中播种，保持场地环境卫生，提前使用em菌消毒液喷洒土壤，杀灭病菌害虫，为羊肚菌生长提供一个安全的环境。在拌料是加入菌菇生态宝，让羊肚菌菌种在良好的营养环境中快速分化成长，内部优势强大减少病虫害的入侵机会。
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