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然而皇帝对柯九思的过于恩宠引起了蒙古贵族官僚的嫉妒，后柯九思横遭御史台臣参劾。《元史本纪·文宗》卷载御史台臣劾“奎章阁鉴书博士柯九思，性非纯良，行极矫谲，挟其末技，趋附权门，请罢黜之”。都穆《题虞文靖公隶书》对其有详细记载：“(至顺三年)五月文宗将有上都避暑之行，九思乘间白曰：‘……愿乞补外以自效。’文宗慰之：‘朕在，汝复何忧？’翌日，纳印请去……中书竟格诏不行，九思遂流寓吴东之胭脂桥。八月文宗卒于上都。”从中可以看出，柯九思为至顺三年五月去职，退居吴下，流寓松江胭脂桥。觅远三年(1343年)十月，柯氏暴卒于苏州，年仅54岁。
元代的私人收藏风气较之两宋更为兴盛，社会上参与书画市场的群体面更广。除了大长公主、柯九思、鲜于枢、赵孟等贵族、重臣这样的收藏家外，在江南地区还涌现出了众多的平民收藏家，留下了如周密的《志雅堂杂钞》、汤允漠的《云烟过眼录续集》之类著录书画古玩等藏品的著作。
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柯九思(1290～1343年)字敬仲，号丹丘、丹丘生、五云阁吏，台州仙居人，江浙行省儒学提举柯谦(1251～1319年)之子，为奎章阁的首位鉴书博士。
到了后期，柯九思则更注重于名书画的收藏。据文献所记，柯氏的书法收藏“多蓄魏晋法书，至宋人书，殆百十函”。他收藏过除上面提到的《曹娥碑》《定武兰亭五字损本》等名帖外，还有晋人《黄庭内景经》、王献之《鸭头丸帖》、林藻《深慰帖》、苏轼《天际乌云帖》、黄庭坚《动静帖》《荆州帖》和米芾《拜中岳命诗卷》等，蔚为大观。
同时，元朝继承了南宋与金内府的大量藏品，宫廷书画异常充足。文宗图帖睦尔(1329～1331年在位)为元代重视文艺的统治者之一，史载他就能作画。他在位时收纳了一批文人画家，委以官职，给予优厚待遇，让他们能集中精力安心创作。不仅如此，元朝亦设立秘书监来管理和收藏书画古物，并建立了储存与鉴赏古玩字画的奎章阁，设鉴书博士等职专门负责书画藏品的归类鉴定。而柯九思就是其中重要的鉴书博士。
奎章阁的书画藏品十分丰富，但大都为唐、五代、北宋的名画，南宋院体画则在摒弃之列。这是因为元代以赵孟蕴藉古意的艺术旨趣为主流，尤其排斥被当时称为的“近代画体”，这成了奎章阁书画收藏的指导原则。
柯氏收藏的名画更为可观，大都为精品，如唐韦偃《双骑图》、隋郑法士《读碑图》、唐张萱《明皇出骑图》、宋人《溪山行旅图》、米芾《春山瑞松图》、扬无咎《四梅图》、赵孟坚《岁寒三友图》等。他藏画不局限于唐宋名画，同时代的元朝前辈画人的作品也在他收藏之列，如赵孟《秀石疏林图》《秋郊饮马图》、任仁发《二马图》、方从义《惠方舟行图》、曹知白《远山疏林图》等都曾为其收藏。
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