广州发往国内中转港至境外的出口货物，一经确认离开启运港，即被视同出口并可办理退税，最快当天即可从海关获得退税证明联。
南沙出口退税两点
亮点1
货物一到广州港，就可办理退税
实施启运港退税政策，鼓励在南沙保税港区发展中转业务。制定有利于建设国际集装箱枢纽港的结汇、退税政策，对在广州中转的国际集装箱，在始发港通关装船后，视同出口，办理相应的结汇、退税，促进珠西出口货物通过南沙出口。
亮点2
优化公共内支线业务，降低航运成本
进一步优化公共内支线业务，经营中国沿海内支线的中资公司，允许使用五星旗船(或降低五星旗船进口关税);允许中资国际班轮运输经营者所经营的国际班轮航线在珠三角及泛珠三角港口之间开展从“自船自带”逐步过渡到“公共内支线捎带”业务。
亮点3
建大通关协作机制，加快“单一窗口”建设
实施口岸便利化，建立跨部门、跨区域的内陆沿海沿边大通关协作机制。加快“单一窗口”建设和广州港FS6000快件快收系统项目建设。对设在自贸区内的企业生产、加工并经“二线”销往内地的货物照章征收进口环节增值税、消费税。根据企业申请，试行对该内销货物按其对应进口料件或按实际报验状态征收关税的政策。
亮点4
物流企业南沙注册
打造具有国际竞争力的跨国物流企业。选择一批成长快、竞争力强、运作规范的物流企业在资金和政策等方面予以扶持，使其尽快做大做强。争取国家批准，对在南沙注册的物流企业按15%税率征收企业所得税。
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