关于天珠的起源，明间一直流传着各种各样的传说，被广为流传的就十几种之多。有说。天珠是古生物化石，喜马拉雅山滚落的螺化石，这种远古海螺化石在滚落中得见天日来到人间。也有说天珠是沉积在地下神灵的眼睛。甚至还有说天珠是由外太空掉落的陨石制成。不过不管外界怎么说，藏民们有他们自己的看法，有着属于他们的独特信仰。在藏民看来，天珠是神创造的超自然之物，是自然生成的或天降下来的。对于天珠的起源，藏民有属于他们自己的故事。如果你有机会去西藏，那边的老藏民也许会和讲讲天珠的故事。他们会告诉你，在古代，天珠是神仙佩戴的装饰物，每当珠子破损或稍有损坏，神仙就把他们抛洒下生物的化石，与、三叶虫处于同一时代。在喜马拉雅定日一带、藏北无人区化石山上都有人曾捡到过海螺化石天珠。
目前古玩市场上，清代普通天珠价格都在十几二十万元以上，由此可见天珠的收藏门槛很高，所以收藏投资者在收藏天珠时，一定要量力而行。”，近年来天珠价格不断上扬也导致市场上真品、仿品盛行。由于真假天珠价格相差几百倍甚至上千倍，所以在收藏投资天珠之前，需要掌握一些为基本的鉴别方法。
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关于天珠的起源一直都没有一个科学的定论，直到现在依然是一个迷，也许随着科学的进步，人们对藏区的认识不断深入，在未来的某个时候，当人们揭开天珠那层神秘的面纱人们忽然明白天珠的起源就藏在这片神秘土地的沙漠深处。
在西藏广为流传的一种说法：天珠是由虫化成，藏人有时在同一地点挖掘出一大量天珠，而这大量的天珠正是虫类的壳或化石，更相信这就是所谓的「天珠穴」，更有人说，天珠被挖出时，还是活的，蠕动了一阵子才静止不动，硬化後才是现在我们看到的模样。另外有个说法是看见移动的天珠时，要立即用砂洒上後就会固化不动，假如没撒中就会在眼前消失不见的。
海2015年春季艺术品拍卖会推出天珠专场，成交金额达6000多万元，38件拍品中有13件成交价超过百万元，一件“十二眼天珠”更是以1840万元的成交价创下国内天珠拍卖价纪录。这场拍卖会在收藏圈引起极大反响。以上海为中心的天珠收藏热方兴未艾，近年来藏友人数明显增加，神秘的天珠文化也成为不少收藏人士好奇的话题。
传说四文殊菩萨的前身「曼殊室利佛」撒下的天华〈天珠〉。相传在公元三千多年，前喜马拉雅山区诸国，发生空前大瘟疫，老百姓死伤无数灾情十分惨重。当时文殊菩萨的前身「曼殊室利佛」正好经过喜马拉雅山上空，亲眼目睹百姓遭受瘟疫的荼毒，心中顿时无限悲悯，便撒下「天华」救渡遍地灾黎。撒下的「天华」坠落田间、原野或山区，凡是捡到「天华」的灾民，疫病就渐渐好转乃至於痊愈。当时撒下的「天华」正是目前所称的天珠。其他如天珠是神的饰物、天珠是太空掉落的殒石、天珠流动如山泉、天珠是由喜马拉雅山上一对夫妇人工制成等等之众多传说。
对天珠收藏颇有经验的上海古玩古玩心冉经理表示，实际上天珠是一种稀有的机宝石，里面主要含玉质及玛瑙成分。上世纪80年代，日本、美国的科学家对天珠进行研究与探讨发现，大约是三四千年，一颗巨大的火星陨石撞击喜马拉雅山域，在飞奔的过程中受到大气的影响，产生的2000度以上的高温将火星陨石等宇宙成分与喜马拉雅山玉髓玛瑙矿石融合，从而形成了一种硬度极高的有机宝石。