安全问题是管理系统的命脉，对于汽车号牌自动识别系统来说，安全尤为重要，由于汽车号牌是汽车最为明显的标识，现实中人们都是通过号牌识别违、章车辆、肇事车辆，因此系统必须保证标签中的号牌数据不能被随意读取甚至篡改。但标签本身的安全又很薄弱，因此必须采用合理有效的方法才能保证系统的安全。
对于通信安全和阅读器的安全问题，蓝西特人们研究得非常多，而且也提出很多行之有效的方法，这些方法包括：采用安全的通信协议或专有的通信协议，如Hash2Lock协议、Hash链协议、基于杂凑的ID变化协议、询问。响应认证协议、再次加密机制等等。使用探测器探测其他RFID阅读器的存在，并发送干扰信号，以防标签上的数据被暴露;为标签编程，使其只可能与已授权的RFID阅读器通信;对标签和阅读器采用更强的加密及安全功能;此外还提出了Kill标签、法拉第网罩、智能标签、阻止标签等方法。这些方法均很成熟，并各有自己的特色和不足，必须针对不同的应用灵活选择和组合。联系人：李女士
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而对于标签中的数据安全，日常应用都是采用加密的方法。然而不同的加密算法复杂程度不同，对硬件性能的要求也不同，其安全级别也不同