冬瓜不长新根也与肥水管理有关，施用未腐熟的有机肥，会在分解放热过程中造成烧根、烧苗；施用过多的化肥，容易使使土壤中的离子浓度增大，会使冬瓜细胞失水发生质壁分离，从而造成不长新根。
此外，冬瓜喜湿不大耐旱，需要吸收大量的水分。导致不少的农户在灌溉时会一次性大量浇水，造成土壤质地黏重、土壤板结，使土壤通透性变差，影响冬瓜根系表面的气体交换和吸收，削弱根系活力，阻碍根系对养分的吸收和利用，影响根系的正常生长，出现不长新根的现象。
对此，建议农户在施基肥的时候，注意有机肥是否已经充分腐熟，施肥与定植间隔不能太近，减少使用化肥用量。在浇水时不能一次性过量浇水，要小水勤浇，每亩地灌溉3-5公斤益富源种植菌液，增加土壤通透性，提高土壤保水能力。
冬瓜根线虫病也是冬瓜不长新根的原因之一，主要由根线虫侵染所致，其在侵害的时候，会用口针刺穿冬瓜的根部，尤其是根系的幼嫩部位（须根和侧根），刺坏根部细胞壁，并分泌出唾液，唾液进入根部组织后会产生化学作用，刺激根部不正常生长。根部会生长出许多形状大小不一的瘤状物根结，初期呈白色，后期会变成黑褐色，这些根结会使根系无法吸水吸肥，影响根系的正常生长，进而引致冬瓜不长新根。
防治冬瓜根线虫的方法，主要有以下几方面，农户要综合运用以期得到更佳的防治效果。1、选用无病土壤育苗，加强田间管理，及时清除病残根。2、增施有机肥促进新根生长，增强植株抗病能力。3、种植前翻耕土壤、重发病田可进行水旱轮作。4、在冬瓜移栽前用利根砂颗粒剂沟施、穴施或全田撒施。如果冬瓜在生长期受线虫危害，用利根砂水剂兑水灌根。
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