在有机稻栽培过程中，增施有机肥是培肥土壤、提高地力行之有效的措施之一，对有机稻生产的持续发展有着特殊的、不可替代性的作用。有机肥潜力大，肥效持久，能不断地促进土壤微生物的繁殖，并且养分全，不仅包括N、P、K等大量元素，还提供了一些作物必需的微量元素如钙、镁、铜、锌、铁、锰、碱、钼等，对水稻的生长发育极为有利。
建立肥沃、健康的稻田土壤是有机稻栽培的基础技术。有机肥可改善土壤结构，促进团粒结构的形成，提高其保水、保肥、通气能力缓冲能力、活化土壤养分、增强和更新土壤中有机质、降低土壤中有毒物质。其主要趋势是施有机肥和有机肥加化肥区耕层土壤有机质、全氮、全磷含量逐年递增，递增率达0.01%—0.015%；土壤持水量和物理性黏粒含量也有所递增；土壤容重递减0.2%～0.25%。这利于土壤保水保肥和通气透水。这一土壤生态的变化，较大地丰富和提高了土壤营养库和对水稻供养、抗逆的调节功能。