众所周知，大剂量化肥的施用不仅增加了农业成本，还可导致土壤酸化板结，作物病虫害增加，产量和品质下降，而且公害污染严重。而有机肥料含有作物生长必需的氮、磷、钾、钙、镁、硫及各种微量元素，经微生物分解后逐渐释放出养分，可满足作物营养的需要，提高作物产量，减少化肥污染。
有机肥料含有丰富的有机质，在土壤中腐解产生腐殖质。腐殖质有利于土壤团粒结构的形成，增强土壤保水保肥能力，提高土壤对酸碱的缓冲能力，并且能改善微生物的生活条件，促进土壤养分的释放。腐殖质还能与有毒的重金属结合，减轻重金属污染。
有机肥不仅能提供各种无机养分，而且还能直接供应各种有机养分。如有机肥中的各种降解产物——氨基酸、酰胺、核糖核酸、磷酸己糖和磷酸甘油酸等，可被植物直接吸收利用。这些有机养分能加强植物的氮、磷代谢，促进植物根系的生长和养分的吸收利用。此外，有机肥在腐解过程中所产生的腐质酸及酚类化合物，可增强作物的呼吸代谢。
一般农产品被用作食物和工业原料的只有25％一50％，其余50％一75％为副产物，这些副产物可再循环和再利用。例如，作物桔秆可作为食用菌的原料，或经过加工处理作为家畜扣家禽的饲料，可再将畜禽粪便用作养鱼或生产沼气，用沼气地粪渣和粪水作肥料。有机物经过这样多层次的循环和再利用，可提高作物桔秆和各种有机废去物的经济价值，还可减少“三废’，污染，促进农业生态系统的良性循环。