粪便和秸秆都是可以发酵成有机肥使用的，一包能腐熟发酵个1.5吨左右，对于动物粪便都是可以进行腐熟发酵的，牛粪，猪粪，鸡粪，鸭粪，羊粪，等等都可以发酵有机肥保存使用。在发酵粪便做有机肥的同时，结合使用秸秆粉进行疏松发酵可以快速的启动。同时单独发酵秸秆的时候也要每吨加个50公斤的粪便，或10公斤的尿素或者磷酸二铵。
堆肥发酵有机肥的操作流程如下：配料操作：
1.首先把一包生物发酵菌剂和5公斤米糠（或玉米粉、麦麸、薯粉、麦粉、谷粉等）混合，制成菌剂混合物备用，目的是便于搅拌均匀；
2.然后把菌剂混合物首先和少量辅料秸秆粉搅拌混合均匀，然后再和全部粉粪便总原料搅拌混合均匀，逐级混合，边混合边按一定比例洒水，直到把所有的秸秆和粪料全部搅拌混合均匀。
如果量大，不容易搅拌，也可以采取铺一层撒一层的方法，即铺一层粪便，撒一层菌剂混合物，再铺一层秸秆辅料，再按照干湿度撒一次水，然后适当翻耙几下，直到所有原料全部铺完即可。
3.要求堆高最少80公分，最上面一层用半湿的秸秆覆盖（特别是冬天堆肥时可起到保温作用）。
如果遇上下雨天，可以简单地用塑料薄膜覆盖一下，但不需要严格的密封（注：秸秆腐熟是好氧发酵，不可密封，并要求尽量疏松堆放），除冬天外的晴天可及时掀开塑料薄膜一次/天，以利于通气好氧发酵，为了避雨，有条件的也可以再在料上方设置遮雨的雨棚，防止雨水淋湿；
适当松料一次，以增强发酵，充分成熟：一般物料会在发酵1～2天内（冬天慢一些），内部温度可以达到50～70℃以上，再保持到第3天后，即建议可开始松料处理，可用木棒或长耙插入料中松动几下。几天后，如果温度超过65℃，则可再次松料，一般松料2次，温度保持相对恒定后发酵就完成了。
发酵成功的标志是：物料已经完全没有了粪便的臭味，相反有种淡淡的生物发酵后的清香味，堆内布满大量白色菌丝（由于翻料，这个现象有时候不一定能观察到）。
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使用益加益菌肥发酵剂的时候注意事项[注意事项]
本品为有机肥专用复合菌，纯生物制剂。
秸秆类需要加入尿素调节碳氮比，每吨加100公斤粪便或者10公斤尿素、二铵等。
堆肥发酵是好养发酵，须疏松堆放，适时翻堆处理。
注意防雨保温保湿，挖好排水沟。
同时使用益加益菌肥发酵剂还可以秸秆还田[秸秆还田] 秸秆粉碎(切碎)长度应小于5-10厘米；每亩增施尿素10公斤左右，使用本品1-2包左右；浅翻或耙耕10-15厘米，并结合深松耕作，适时镇压浇水，使土壤密实，避免掉根现象。