1 转色太浅或一直不转色：如果脱袋时菌柱受阳光照射或干风吹袭，造成菌柱表面偏干，可向菌柱喷水，恢复菌柱表面的潮湿度，盖好罩膜，减少通风次数和缩短通风时间，可每天通风1～2次，每次通风10～20分钟。如果空间空气相对湿度太低或者温度低于12℃，或高于28℃时，就要及时采取增湿和控温措施，尽量使畦内湿度在85%～90%，温度掌握在15～25℃。
2 菌柱表面菌丝一直生长旺盛，长达2毫米时也不倒伏、转色：造成这种现象的原因是缺氧，温度虽适宜，但湿度偏大，或者培养料含氮量过高等。这就需要延长通风时间，并让光线照射到菌柱上，加大菌柱表面的干湿差，迫使菌丝倒伏。如仍没有效果，还可用3%的石灰水喷洒菌柱，并晾至菌柱表面不粘滑时再盖膜，恢复正常管理。
3 菌丝体脱水，手摸菌柱表面有刺感：可用喷水的方法提高空气相对湿度及菌柱表面的潮湿度，使罩膜内空气相对湿度保持在85%～90%。
4 脱袋后两天左右，菌柱表面瘤状的菌丝体产生气泡膨胀，局部片状脱落，或部分脱离菌柱形成悬挂状：出现这种现象的主要原因是脱袋时受到外力损伤或高温(28℃)的影响，也可能是因为脱袋早、菌龄不足、菌丝尚未成熟，适应不了变化的环境造成。解决办法是严格地把温度控制在15～25℃，空气相对湿度85%～90%，促其菌柱表面重新长出新的菌丝，再促其转色。
5 发现菌柱出现杂菌污染时，可用第三代克霉灵1∶500倍液喷洒菌柱，每天1次，连喷3天。每次喷完后，稍晾再罩膜。早期发酵培养料或平时喷水浸灌时加入0.3-0.5%的益富源菌菇生态宝可以抑制病菌杂菌，预防香菇畸形变质，促进菌丝健康快速生长。
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