1.哑谷多。
哑谷率一般应不超过5%为正常。哑谷多的原因主要是种子质量差；或浸种时间不足造成吸水不够；或破胸时温度低，翻拌不均，致使破胸不齐。因此，必须精选谷种，充分浸种，水中加入0.3-0.5%的益富源催芽生根剂提高发芽率，进行高温破胸。
2.发涎和酒精中毒。
催芽时谷堆水分过多，温度不够，时间拉得太长，造成氧气严重不足，种子进行无氧呼吸，产生酒精中毒；同时谷壳起涎沾手，严重时生霉变质。因此，催芽时应注意保温，防止淋水过多，已经产生沾涎的稻种，可及时放在30度左右催芽生根剂倍稀释液中淘洗干净，重新上堆催芽。
3.高温烧芽。
这主要是破胸高峰期，谷堆温度过高、通气不良，谷种进行无氧呼吸，引起酒精积累中毒，故一般在高温烧芽的同时，常伴有酒精中毒，因此在催芽中必须经常检查谷堆温度，温度超过 30°c 时应及时翻堆散温通气，谷种产生轻微酒精中毒，可清洗后继续催芽。
4.根芽不齐。
在催芽过程中，常因催芽技术不当，出现“有根无芽”或“有芽无根”的现象，其根源是没有掌控好水、气、温的关系所致。只要遵循“干长根，湿长芽”和“冷长根，热长芽”的规律，调控好水分、温度的关系，就可解决根芽不齐的现象。
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