脉冲布袋除尘器的除尘效率受滤料材质和滤料表面粉尘层特性影响。新滤袋直接使用时除尘效率较低，经过一段时间使用后，滤袋上附着的粉尘达到2～3g/m2时，除尘效率就能超过90%，粉尘达到150g/m2时，除尘效率可超过99%。脉冲清灰后，大部分粉尘从滤袋上剥离，但还会残留一些。
之后，残留的粉尘量会达到动态平衡，除尘效率一般大于99%，甚至超过99.9%。正常状态下，脉冲布袋收尘器对粉尘中＜1μm粉尘的除尘效率通常大于90%。因为滤袋表面附着的粉尘层增厚，增加了对细粉尘的过滤效率，同时也增加了部分阻力，过于稀薄的粉尘层会降低收集微细粉尘和重金属的效率。脉冲布袋除尘器生产厂家在电袋复合除尘器中，前置电场除去80%的粉尘，经过电场后的荷电粉尘进入布袋除尘区域。
由于荷电粉尘互相排斥，形成的粉尘层较疏松，使2.5μm及以下的微细粉尘容易进入滤料内层，阻塞滤料内层孔隙，增大阻力，且不能通过脉冲喷吹剥离，缩短滤袋寿命，同时部分微细粉尘穿过滤袋造成超标排放。延长滤袋使用寿命的方法是预涂灰，这种方法在电厂中也较常用。但预涂灰劳动强度大，对周边环境有一定的污染，并不适用于工业用户。另外，布袋收尘器在高过滤风速下，如滤袋表面无一定厚度的粉尘层，微细粉尘很易穿过滤料的孔隙，这就是在动态过程中，电袋复合除尘器难以捕集微细粉尘的主要原因。一般脉冲布袋除尘器所选用的扁袋除尘器是单列双层重叠的扁袋结构形式，滤袋之间间隙较小，清灰后上层滤袋剥离的粉尘易落到下层滤袋表面造成二次污染，影响清灰效率。
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