动物胃肠中的大量微生物组成的微生态系是在长期的历史进化过程中形成的。正常菌群像一道屏障，保护宿主的健康生长。当正常菌群占优势时，会抑制病原菌生长，提高宿主抗病能力。微生态制剂正是通过调节宿主体内的微生态结构，使其在微生态平衡的系统下表现出更佳的生理状态和更快生长发育，具有更高的抗逆性。
调节宿主体内菌群结构，抑制有害生物的生长，减少和预防疾病
1、促进有益菌形成优势种群
经过长期的进化过程，微生物在动物肠道内形成了一个微生态平衡系统。正常情况下，肠道内优势种群为厌氧菌，而需氧菌和兼性厌氧菌只占1%左右。如果专性厌氧菌减少，失去优势种群地位，则动物肠道微生态平衡失调，引起各种肠道疾病。使用微生态制剂可使拟杆菌、双歧杆菌等专性厌氧菌数量增加，恢复优势种群，起到调节微生态平衡的作用。
2、生物颉抗
动物微生态制剂中的有益微生物在体内对病原微生物有颉抗作用，这些有益微生物可与病原微生物争夺营养物质和生态位点，抑制病原微生物的生长繁殖。有益菌还通过分泌抑菌物质抑制病原菌增长，例如乳酸菌分泌细菌毒素、过氧化氢、有机酸(包括乳酸、乙酸、丙酸、丁酸等)等物质，可使肠道环境pH下降，抑制有害病原微生物生长。
3、生物夺氧
大量研究表明，一些需氧菌微生物特别是芽抱杆菌能消耗肠道内氧气，造成厌氧环境，有助于厌氧微生物的生长，从而使失调的菌群平衡恢复到正常状态。
4、消除污染物，净化环境
养殖水域底部常常积累大量的残余饵料、排泄废物、动植物残体以及有害气体氨气、硫化氢等，这些物质往往导致水质败坏使水产动物受到毒害。微生态制剂中的微生物具有氧化、氢化、硝化、反硝化、解磷、硫化及固氮等作用，能将上述有害物质分解为二氧化碳、硝酸盐、硫酸盐等，不仅净化了水质，还能为单胞藻的繁殖提供营养物质促进藻类的繁殖。目前比较常用的水质调节剂有光合细菌、硝化细菌、芽抱杆菌等。光合细菌具有独特的光合作用能力，能有效地利用水中过剩的有机物作为自身繁殖的营养源，迅速分解水中氨氮、硫化氢、酸类等有害物质，从而改善水质，增强鱼类的抗病力。
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