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如何改变蛋黄的颜色，也就成了禽蛋生产中的一大课题。
蛋黄颜色来源于脂肪中的色素。理论上说，任何脂溶性的色素都可以改变蛋黄的颜色。正常情况下，蛋黄中的色素是类胡萝卜素，其中主要是含有羟基的叶黄素类，也有少量胡萝卜素。蛋黄中这些色素的含量和种类，又与饲料密切相关。在鸡的饲料中，叶黄素、玉米黄素和隐黄质是主要的色素类型。
饲料中的色素要经过小肠的吸收和体内的转化，最后才沉积到蛋黄中。不同色素的沉积效率和呈现出的颜色不尽相同，这就使得蛋黄颜色随着饲料的差异波动很大——哪怕是同一只母鸡下的鸡蛋，蛋黄色度也可能相差几个等级。
色素的化学结构是决定其沉积效率的首要因素。叶黄素和玉米黄素含有两个羟基，角黄素含有两个酮基，它们沉积到蛋黄中的效率就比那些只有一个羟基或者酮基的色素要高。维生素A的前体，比如β-胡萝卜素，在体内会高效地转化成维生素A，也就很少能沉积到蛋黄中。
饲料中的抗氧化剂和脂肪对于色素的沉积也有巨大影响。有学者发现，如果母鸡体内缺乏类胡萝卜素，那么饲料中的叶黄素类就会有相当一部分转移到血液、肝脏和卵巢中。如果饲料中的脂肪含量低，那么β-胡萝卜素等维生素A前体还会导致蛋黄颜色变浅。
2010年丹麦学者的实验表明，蛋黄颜色与饲料中色素的含量有直接关系。研究人员让母鸡在自由进食基本饲料之外，分别补充黄色、橙色或紫色的胡萝卜。在这三种胡萝卜中，叶黄素和玉米黄素含量很低且相差不大，胡萝卜素占据主导且在三种胡萝卜中的含量差异明显。最后得到的蛋黄颜色与胡萝卜中色素的总含量趋势一致，即：对照组、黄色胡萝卜组、橙色胡萝卜组和紫色胡萝卜组的蛋黄颜色依次加深。