有机农业强调使用充分腐熟、符合有机作物栽培需要的有机肥，因此，有机肥在施用前还有一个堆制腐熟的过程。堆肥的原理
堆肥的腐熟过程，主要是靠多种微生物的作用，使有机原料经过发酵分解，进行矿质化和腐殖化的过程。该过程可分为以下三个阶段：
1、发热阶段
堆制初期，有机原料中的好气性微生物利用堆肥中的水溶性有机物迅速繁殖，分解其中的蛋白质、纤维索和部分半纤维素，从而产生大最热量，使堆肥中的温度升高，使物质在好气条件下迅速分解与转化。
2、高温阶段
经过一段时间后，堆肥中的温度达到50℃以上，此时主要是高温厌气性微生物在起作用，分解一些复杂的有机物，并进行腐殖质的合成过程。
3、降温阶段
堆肥后期，堆肥中的温度逐渐下降，中温性细菌和放线菌等微生物逐渐增加，促使堆肥中的有机物大量转化为腐殖质，从而完成堆肥的腐殖化过程。
未腐熟的有机肥含有大量的病原微生物和虫卵，直接施用会造成植物伤根，烧死烧苗，产生毒气，流失大量的养分，只有施用腐熟的有机肥才能够充分的提供植物生长所需要的营养，遏制土传病害，不烧根不烧苗，提高农作物的口感及产量。