1.在有机蔬菜生产中，必须使用充分腐熟的有机肥。未充分腐熟的堆肥和厩肥，能招引一些地下害虫的趋集，加重对作物的危害。因此，在堆肥过程中，要严格控制堆肥的各项条件，充分调节好水分、空气、温度、酸碱度和碳氯比，同时还应严格掌握堆肥时间。短时间堆肥可能会使部分堆肥没有充分腐熟。堆肥一般控制在3个月以上，并且在堆制过程中要多次翻堆，这样堆制的有机肥才能符合有机蔬菜生产的要求。充分腐熟的有机肥颜色为暗褐色，无臭味，结构较为疏松，手捏能成团，松手即散。
2.有机蔬菜生产中会产生许多有机废物，如植物残体等，这些可以作为堆肥的原料。但应注意，含有大量病菌的植物残株、病叶（如黄瓜、南瓜的白粉病、霜霉病病株和病叶等）不能用来堆肥，必须集中深埋或烧毁。