1、气温太低，如低于5 度，又没有采取其他措施的，则会因为室内温度太低，而无法发酵启动，这是一个微生物常识。
2、过了一段时间没有用过，也会启动不了，因为过了一段时间后，垫料已经发酵充分成熟，里面所有的营养物质和能量都基本上没有了，所以，微生物当然不会发酵了。这时，如果要重新启用，则必须加入新的营养物质，如每平方米加入玉米粉1--3公斤，适当的翻拌一下，补充点发酵床菌液和水份，表面覆盖一层干垫料或塑料薄膜保温，自然可以升温。或者简单翻拌一下，过两天后直接放猪进入，让猪的体温和热的粪尿加热启动，以后只要不断有新鲜猪粪等营养物质进入，自然会发酵。
3、负荷太重，即养殖密度太高，微生物无法发酵分解这么多粪便，则需要减少养殖密度，或增加垫料高度，或者增加发酵床菌液菌种数量，但减少养殖密度是前提条件。
4、垫料20公分以内太干，没有水份，没有水自然也就发酵不了，所有生物包括微生物，只有在有水的情况下才能生活，才能发酵，但发酵床垫料含水量不能太湿，特别是表面一层，需要比较干爽，不然会让猪只感觉不舒服的。
表面含水量在25--30%，手感比较干爽，看起来也不太湿，但颜色又比纯干垫料的颜色要深；中间层含水量在50%之内，用大的力气去捏，也是捏不出水印子出来的；最下层含水量在60%，用力捏，有极少的水印出来即可。这里：含水量的分层，除了表面层是特意保持干爽的外，中间层和下层的含水量是自然形成的，不是人为加不同的水造成的，因为水往低处流，自然下层水含量高一些。
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