正常运转良好的微生态垫料气味应该清香、有原料味（当然使用越久的垫料，气味越没有原料味，而多了点发酵粪便的气味，但不臭，刚开始使用的垫料还应该有曲香味，如果垫料中有氨味和轻臭味，则说明可能粪便分解不了，排泄的粪尿超过了微生态垫料的消化能力。
一是所用的垫料太薄了，建议养猪至少使用60公分厚的垫料层，冬天加到80。
二是因为垫料制作时加水太多了，造成表面太湿，表面无法缓冲突然排出的大量粪尿。
表面保持干爽的垫料，一是为了及时吸附猪排出的多余的粪尿，保持干爽表面也有利于猪的健康，二是为了缓冲外界温度的变化影响，起到保持中间发酵层的发酵功能。如果是太湿了，建议再在上面添加一层20公分左右厚的干爽的垫料，让其吸附一些下面的湿垫料的水份。
三是猪圈设计不合理，没能形成踏踩地面，没能发挥猪来回运动的作用。
四是猪的密度过大，造成粪便推积。
正常运转良好的微生态垫料气味应该清香、有原料味（当然使用越久的垫料，气味越没有原料味，而多了点发酵粪便的气味，但不臭，刚开始使用的垫料还应该有曲香味，如果垫料中有氨味和轻臭味，则说明可能粪便分解不了，排泄的粪尿超过了微生态垫料的消化能力，
这时候，有几点可以做：
需要增加垫料厚度，特别是进入冬天，或气温转冷的天气情况下，靠别的措施无法根本解决问题的情况添加新垫料（加入少量玉米粉）是最有效的；
添加高效活力菌种，如添加发酵床菌液，可以在垫料表面洒入发酵床菌液，也可以翻动垫料，洒入到15厘米以内层中；每平方米洒入1～2公斤发酵床菌液；
有益菌活动范围，垫料表层10厘米为缓冲区，20-30厘米为有益菌活动区，如地面透气性好，可以延伸到35-40厘米。
翻动垫料层，耙松垫料，以进入更多空气，增强发酵效果，这种做法主要是在经常观察垫料比较板结的情况下进行，或垫料水份过高的情况下进行；
减少猪只的饲养密度，这种做法主要是猪只进入中大猪阶段，需要进行密度调整的情况下进行；
给垫料增加点营养，如果垫料退化很快，可能说明垫料配方不合理，过多的使用了含粗纤维不高的材料，导致垫料很快就被分解，这时应该添加一些较粗的如锯末类的物质。
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