脊椎动物的骨头和牙以及许多无脊椎动物的外甲含有磷酸钙，因为这种化合物抵抗风化作用的能力非常强，所以许多由磷酸盐组成的物质也能保存下来，如曾发现一枚保存极好的鱼牙。由硅质（二氧化硅）组成的骨骼也具有这种性质。微体古生物化石的硅质部分和某些海绵通过硅化而变成化石。
虽然生物体的软组织的保存形成了一些有趣的和令人叹为观止的化石，但这种方式形成的化石是相对罕见的。古生物学家更经常地是研究保存在岩石中的化石。
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和政古生物化石博物馆，不仅动植物的遗体能形成化石，而且表明它们曾经存在过的证据或踪迹也都能形成化石。痕迹化石能提供有关该生物特点的相当多的情况。很多壳、骨、叶以及生物的其它部分，都能以阳模和阴模的形式保存下来。如果一个贝壳在沉积物硬化成岩之前就被压入海底，它的外表特征就会留下压印（阴模）。如果阴模后来又被另外一种物质充填，就形成阳模。阳模能显示出贝壳本来的外部特征。外部阴模显示的是生物体硬部分的外部特征，内部阴模显示的是生物体坚硬部分的内部特征。
只不过，这些蚊子的近亲非常特别——恐怖虫，在特展中心展示了它的复原图：它的体长不足1厘米，和我们常见的蚊子差不多大；触角很短，具有刺吸式“嘴巴”；没有翅膀，后足上长有一个巨大的螯；而在腹部有着成对的肉质侧叶，就像一根根“肉刺”。
黄迪颖说，过去科学家们怀疑恐怖虫是恐龙身上的寄生虫，和跳蚤是近亲，不过为什么虫子要长螯，全球科学家没人说得清，这种小虫子被称为全球昆虫之谜。
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古生物化石，难题的解决，多亏了新发现于我国内蒙古宁城县道虎沟中侏罗统九龙山组(距今约1.65亿年)的13块新的恐怖虫化石。在整理研究这些化石的时候，黄迪颖研究员和其团队首次发现，恐怖虫的雌性个体与雄性完全不同：雌性的恐怖虫并没有钳子状的后足，而且腹部缺少成对侧叶，就像一只少了翅膀的普通蚊子，不具备任何外寄生虫的特征。更重要的是，化石上显示一个雄虫长有宽大的翅膀，哪里有寄生虫长翅膀的？因而恐怖虫并不是外寄生虫。
化石还可以通过矿化作用和石化作用而保存下来。当含矿化的地下水把矿物沉淀于生物体的坚硬部分所在的空间时，使得生物的坚硬部分变得更坚硬、抵抗风化作用的能力更强。较普通的矿物有方解石、二氧化硅和各种铁的化合物。所谓置换作用或矿化作用是生物体的坚硬部分被地下水溶解，与此同时其它物质在所空出来的位置上沉淀下来的过程。有些置换形成的化石的原始结构被置换的矿物所破坏。
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