茎基腐病是由镰刀状真菌引起，该病菌好氧、怕阳光、潜伏期长。病菌在病残体组织内外、土壤中存活越冬，成为翌年主要侵染源。气温在18°C以上，湿度合适时开始萌芽繁殖。以种苗、水流、风、机械和昆虫传播。病菌在近地面处有伤口（地下害虫，人工农事操作，喷除草剂等可以引起的伤口）的茎基部侵入，该病在大量结果后出现症状。尤其是种植两年后的植株发病最为严重。
正值洪涝频发的夏季，强降雨后如果较长时间积水，土壤含氧量大大降低，影响根部生长和营养吸收，导致植株生长不良，并加速了茎基腐和根腐的进程。此时需先疏通排水渠，排积水。雨后扶正淹苗或重新补苗。对于发病植株使用溃腐灵原液涂抹茎基部位，或者高浓度喷发病部位，在土壤含水量下降后，使用青枯立克倍+大蒜油倍灌根。青枯立克、靓果安、溃腐灵属中草药制剂，通过灌根、喷雾、涂抹等方式，在树体内传导，不但杀灭作物体内潜藏的病菌，促进伤口愈合、修复伤口，恢复植物尤其是维管束的功能；还能直接补充多糖类、氨基酸类、多肽类等植物自身所需物质，参与代谢循环，增强树势。
百香果为什么易发茎基腐病-
1，百香果是浅根性植物，其茎蔓结构松软，根系浮生，茎基部、根部易受伤，从而导致吸收营养受阻，生长势转弱、引发病原菌侵染
2，偏施氮肥：导致作物冒长，树体内营养亏空，抗病、抗逆能力减弱；挂果过多：使树体内的养分透支，采果后树体存留的养分不足抗逆能力减弱，越冬会使树体受伤，易被菌源侵染
3、土壤状况不良：土壤粘重、板结、酸化，一是容易滋生有害菌的繁殖；二是使植株根系生长不良，吸收营养的能力减弱，导致植株生长势减弱，抗病能力差。
4、重茬：重茬使得土壤中茎基腐病原菌大量积累，提高发病率
茎基腐病等到上病治病，损失已经造成了，提前预防是关键。
（1）选用无病苗圃的不带病菌的种苗；实行一年一种制，种前旧地要重新翻犁整地。
（2）起高墩种植，做好排水工作，防止果园积水，避免受雨水淹没遭病菌侵蚀；
（3）冬季清园茎秆基部涂白防寒、防病，对棚以下茎秆涂刷溃腐灵原液，此外冬季落叶后至次年萌芽前用溃腐灵60-100倍液全园喷雾消灭病源；
（4）科学施肥，以生物有机肥为主，适当氮磷钾和中微量元素。不可使用未沤熟的农家肥；平衡营养，及时叶面施肥，在定植后，伸蔓期，初花期和壮果期，及时喷施靓果安倍补充高能量物质和中微量元素，营养树体，促进果实表光，改善果实口感。
（5）加强田间管理。二年苗在气温稳定15℃后，扒开茎基部土壤晾晒，促使茎基表皮老化防病；使用溃腐灵原液涂抹，结合青枯立克倍灌根。剪除病残枝与茂密枝，采用篱形架、棚形架式搭架，增加园内的通风透光度，及时拔除发病严重的病株，并用生石灰进行土壤消毒。