废弃农作物秸秆的运用是比较广泛，不仅可以用于养殖上的饲料来源。也可以作为种植上的肥料来源。在农业上的应用也很广,特别是生物肥料厂及一些大型的种植场,为了加快发酵速度,同时也为了节省成本, 他们会直接把桔杆配合粪便或农田垃圾发酵做肥,因为发酵剂的作用,发酵出来的肥不但时间快,肥效好,而且可以有效提高农作物的抗旱、抗寒和抗病能力，深受老百姓的喜欢。
比如秸秆还田技术以及沤肥制作有机肥使用：
秸秆还田技术要点
1、平铺秸秆。
小麦、油菜收获后，将小麦秸秆或油菜壳均匀平铺在田面上，切忌碎草成堆。
2、施肥（菌）播种。
秸秆铺好后，将浸种后的水稻种子均匀撒播于地表（播种量应较常规栽培法增加10%左右）。
3、压秆灌水。
采用机械或人工拍打压秆，使秸秆沉降到地表，于泥土相粘，防止秸秆泡水后浮起。第一次灌水7-10厘米深，使秸秆充分吸足水分，快速腐烂分解。
4、正常管理。
其他施肥及病虫草害防治正常进行，施肥参照高产施肥要求进行。
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秸秆肥的施用方法：
⑴ 秸秆肥一般用作基肥，可潮湿施用。做追肥应覆土。半腐熟的肥料施用于生长期较长的作物，腐熟度高的秸秆肥施用于生长期较短的瓜果蔬菜等作物，沙性地用半腐熟的肥料，黏土地好施用腐熟度高的肥料。
⑵秸秆肥中有机质十分丰富，氮、磷、钾养分较为均衡，还含有各种微量元素，是各种作物、各种土壤都适宜的常用肥料，具有提高产品品质、增加产量的显著效果。